數字證書分為“移動數字證書”和“文件數字證書”。“移動數字證書”是壹種看起來像u盤的東西。安全性高，攜帶方便，但價格約100元。“文件數字證書”即IE瀏覽器證書，成本較低，只需繳納壹次性手續費或小額年費，約10元，但客戶只能在安裝了該證書的電腦上使用，因此適合有固定電腦的用戶使用。
目前網銀大多分為大眾版和專業版。專業版必須由用戶本人到銀行網點申請數字證書，普及版則允許客戶憑身份證、賬號、密碼在線開通。大眾版和專業版的區別，即是否申請數字證書，主要表現在:
大眾版只有查詢、小額支付等基本功能，受單筆支付金額和單日支付總額限制。擁有數字證書的專業用戶可以享受無限轉賬支付等服務。
此外，隨著數字證書的使用，即使卡號和密碼被盜，沒有數字證書也無法進行網銀操作，保護了網上交易的安全。並且在使用中國金融認證中心頒發的數字證書進行網上交易時，如果賬戶被盜造成損失，個人用戶最高可獲得2萬元的賠償。
目前所有網銀中，只有工行提供“移動數字證書”，招行、浦發、建行、農行提供“文件數字證書”，興業、民生、中信、深發展、上海銀行都提供中國金融認證中心頒發的數字證書。光大、中行、廣發、交行、華夏不提供數字證書。
密碼驗證
“用戶名+密碼”是網銀最基本的保障方式。在使用網銀的過程中，會涉及到登錄密碼和支付密碼。
登錄密碼是登錄網上銀行時使用的密碼。到了轉賬支付，系統會要求輸入支付密碼，這樣可以保證賬戶資金安全。銀行建議登錄密碼和支付密碼不要相同。
為了防止人們通過猜測密碼登錄他人的網上銀行，銀行提供了保護措施。
工行:當日登錄密碼和支付密碼連續三次失敗時，銀行將臨時凍結當日網銀交易資格，次日自動解凍；連續10次失敗，銀行將凍結網上交易資格，用戶需要到櫃臺重置密碼。
興業:6次輸入錯誤的網上賬號已經被鎖定，需要去櫃臺解碼。
PUFA:三次密碼錯誤後，15分鐘內無法登錄。錯誤越多，登錄不了的時間越長。
中國銀行:連續3次錯誤，系統將鎖定用戶24小時。