由於委托代理是針對零星、分散、偏遠的納稅人，稅務機關往往對上述納稅人的信息掌握不足，甚至很大程度上依賴於代理人所擁有的壹些信息，從而導致代理人不按期納稅、擅自決定少繳稅款、超越代理人權限等問題。
(壹)不按期繳納稅款的
由於稅務機關在委托代征稅款中缺乏關於稅源的相關信息，很難準確掌握被代征稅款的具體數額，部分委托代征稅款協議對代征人繳納稅款的時間缺乏明確約定，因此很容易發生代征人未按時繳納稅款的情況。比如某房地產開發公司收取施工方的營業稅及附加、個人所得稅、企業所得稅，收取的稅款有相當壹部分沒有匯到倉庫，而是將收取的稅款挪作他用，如發放公司員工福利、償還公司到期債務等。
(二)擅自決定少繳稅款的。
稅收法定原則是稅法的壹項基本原則。然而，在委托代理關系中，代理人往往是壹些企業、機構或個人，他們對稅法的嚴肅性缺乏應有的認識。此外，壹些委托代理協議缺乏對代理人法律責任的明確界定，導致代理人在收稅時表現非常隨意，甚至出於自身利益等各種原因，決定少繳稅款，違規向納稅人收取開票費。據悉，北京三家授權代理商違規為交通運輸業開具發票，擅自降低稅率，導致少繳各項稅費金額達6543.8+0.24億元。
(三)超越權限收取的
征收單位不是國家機關，只是接受稅務機關的委托征收部分稅款，不享有法定的行政處罰權限。但是，壹些稅收征收人員為了獲得更多的稅收征收費用(按照征收稅款的壹定比例確定)，擅自擴大稅收征收範圍，增加納稅人應納稅額，甚至向納稅人收取各種罰款，嚴重損害了納稅人的合法權益。在實踐中，也出現了許多違法行為，如稅收征收單位任意扣押納稅人的財產。