在財政較往年緊張的背景下，稅務總局開展了2009年全國範圍內的企業稅收自查工作。而此次推行的補貼征稅，便是直指檢查過程中，不少大國企存在的補貼超標問題，而且通過前壹段時間的檢查發現超標部分並未繳稅。同時，由於大型壟斷國企效益很好，會通過買保險等各種方式給員工增加福利，但都未納稅。所以稅務總局大企業司才針對這些單位，制訂了此項規定，並不是廣而推之的。
壹、征收稅費
1、從國家稅務總局獲悉，稅務總局於發布通知，企業發放交通通訊補貼將計征個稅。按交通補貼全額的30%、通訊補貼全額的20%作為個人收入扣繳個人所得稅。企業為員工支付各項免稅之外的保險金，按“工資、薪金所得”項目計征個人所得稅。通知稱，企業采用報銷私家車燃油費等方式向職工發放交通補貼的行為，扣除壹定標準的公務費用後，按照“工資、薪金所得”項目計征個人所得稅。公務費用扣除標準由當地政府制定，如當地政府未制定公務費用扣除標準，按交通補貼全額的30%作為個人收入扣繳個人所得稅。
2、企業向職工發放的通訊補貼。針對企業為員工支付各項免稅之外的保險金，通知指出，應在企業向保險公司繳付時並入員工當期的工資收入，按“工資、薪金所得”項目計征個人所得稅。企業年金的個人所得稅，應按企業統壹計提年金時所用的具體標準乘以每人每月工資總額計算個人每月應得年金，扣繳個人所得稅。
3、企業為職工繳付的補充醫療保險應扣繳個人所得稅。如果企業委托保險公司單獨建賬，集中管理，未建立個人賬戶，應按企業統壹計提時所用的具體標準乘以每人每月工資總額計算個人每月應得補充醫療保險，全額並入當月工資扣繳個人所得稅。
法律依據：
《方案》明確，改革後行政區域內普通公務出行方式由公務人員自行選擇，實行社會化提供，適度發放公務交通補貼。中央和國家機關補貼標準為司局級每人每月1300元，處級每人每月800元，科級及以下每人每月500元。