按照規定，鄉鎮人代會有l3項職權、鄉鎮政府有7項職權，但實際落實並非如此。壹是鄉鎮職能泛化。政府管的事情越來越多，政治、經濟、文化、社會無所不包，如同壹個全能的政府。有的鄉鎮職能錯位、政企不分，在發展經濟中職能越位，強制農民進行經濟結構調整。二是鄉鎮機構設臵重疊。機構設臵的不合理，必然導致職能錯位；責任分工的不合理，必然導致職能錯位、越位或不到位，甚至產生違法行政行為。
（2）權力與責任不對等，行政運作方式不適應發展的需要 壹是存在權小責大的矛盾。目前，鄉鎮政府主要做的工作是“辦理上級人民政府交辦的其它事項”。另壹方面，稅務、國土等機構承擔的業務工作，有相當壹部分是由鄉鎮政府來幫助完成的。鄉鎮政府承擔的責任沒有減小，反而更大了。被上劃的站、所越來越多，鄉鎮管理不了，有責無權。出現損害農民群眾利益的事，農民找政府，鄉鎮政府除了做點解釋工作外根本無能為力。二是鄉鎮在對上負責與對下負責之間處於兩難境地。對下，由於財政困難，該為農民辦的事卻無能為力。直接影響了群眾對鄉鎮政府的信任，因而政府在群眾中的威信不高。對上，上級政府每年下達給鄉鎮各種任務，並且實行目標考核，鄉鎮幹部形象地稱之為“上面千條線、下面壹根針”，每天應付各種事務喘不過氣來。
（3）黨政不分，政事不分
黨政不分，主要表現為黨委壹元化領導與鄉鎮長負責制之間的關系處理不夠好。按照規定，鄉鎮行政工作實行的是行政首長負責制。黨委對政府工作實施領導主要是把宏觀、把方向，做好統攬和協調工作。但事實上，在鄉鎮壹級，黨委與政府基本上是混在壹起的，幾乎所有的工作任務和指標對每壹個幹部都同等下達、同等考核。以黨代政、黨政不分的現象較為普遍。
（4）公務員政績考核不完善，未形成科學合理的選拔任用體系 目前，公務員選拔任用辦法不科學、不完善，考核公務員的政績沒有把個人貢獻與集體貢獻合理區分開，因此往往會出現把集體的政績說成是個人的政績，把別人的政績說成是自己的政績的現象。這種考核辦法，會促使政府單純追求經濟增長速度，搞形象工程、政績工程。同時，提拔任用幹部必須經過大會民主測評和個別談話推薦，致使部分鄉鎮幹部對此卻異常敏感。因此，該放手去做、去管的事不認真去做、去管了，因為做事就要觸及各種利益的分配和調整，就會得罪人，就會在民主測評和個別談話中少得壹票，甚至少得若幹票。所以，好人主義盛行，不利於幹部的選拔任用。