(1)辦公室。負責文電、會議、機要、文件、信息、保密、接待等工作；承擔有關文件的起草和審核、重要會議的組織、秘書事務、新聞宣傳和政務公開工作；協調機關日常工作；協調機關財務、資產管理和安全工作；負責機關的對外事務；分析國土資源經濟形勢，參與經濟運行和相關改革的研究，研究提出國土資源供需平衡的政策建議，制定國土資源管理參與宏觀調控的政策措施；組織國土資源重大問題研究，承擔重要文稿起草工作；承擔綜合統計和專項統計的歸口管理工作；協調綜合業務工作。
(2)政策法規科。組織起草國土資源管理方面的地方性法規和政府規章，協調相關立法工作；承擔機關相關規範性文件的合法性審查，推進國土資源行業依法行政；承擔行政審批項目的相關核查工作；依法監督國土資源執法活動；負責組織國土資源管理法制宣傳教育；承辦行政復議和行政訴訟的相關工作；承辦國土資源信訪案件。
(3)財務管理科。負責部門預算(決算)、固定資產投資計劃和基本建設計劃的制定和執行，並對計劃執行情況進行監督檢查；建立健全財務管理制度、內部控制制度和國有資產管理制度；負責系統內部審計，按照有關規定對下屬單位進行內部財務審計和監督；做好國土資源管理中各種稅費的征收管理工作；承擔國土資源有償使用，參與國家出資的土地、礦產等資源性資產和礦業權權益的管理；依法承擔國土資源專項收入的征收管理；承擔土地復墾費、土地開發整理復墾基金、土地出讓金、礦產資源補償費、礦業權出讓金、礦山地質環境恢復保證金等土地礦業專項資金和基金的管理；制定相關財務和資產管理規定，負責機關及相關直屬事業單位的預決算、財務管理、政府采購、國庫集中支付、內部審計等工作；負責下屬單位和下屬單位的財務和國有資產監督管理。
(4)策劃部。組織編制土地、土地利用、礦產資源和地質環境綜合規劃並監督實施，編制資源調查、評價、勘查、開發專項規劃；擬訂土地開發、復墾和整理計劃；依法指導和審查國土資源相關規劃，審查省政府和州人民政府批準的城市總體規劃；承擔國土規劃、礦產資源開發規劃和國土資源調查評價規劃的編制和管理工作；承擔國家、省、州建設項目用地預審；承擔國土資源區域、城鄉統籌協調、綜合利用、循環經濟和綜合改革試驗研究工作；承擔全州、區域和專項國土資源規劃的編制和修訂，指導縣級國土資源相關規劃的編制、修訂和實施。
(5)耕地保護部分。制定以基本農田保護為重點的耕地保護辦法和措施，承擔耕地保護責任的監督檢查和考核，監督檢查基本農田保護和耕地占用補償制度的落實情況；承擔土地整理復墾開發項目的審查、匯總、審批、監督檢查和竣工初驗工作；負責土地開發整理項目的招投標監管。
(6)地籍管理科。制定地籍管理辦法，制定土地確權、土地登記發證辦法和土地權屬爭議調解辦法；制定土地調查、地籍測量、土地統計、地籍數據庫動態監測和測繪的技術規範和標準；負責土地資源調查、地籍調查、土地統計和動態監測，承擔土地資源現狀評價和統計監測數據工作；負責組織實施土地調查，承辦土地登記發證，各類土地登記資料的整理、共享、匯交和對外查詢；承擔土地權屬確認工作，參與重大土地權屬爭議的調解；指導土地利用數據庫、城鎮地籍數據庫和地籍信息系統建設。
(7)土地使用管理科。制定和實施土地供應、土地價格、土地資產和土地儲備管理政策；承辦城鄉建設用地和土地管理；規範土地使用權轉讓、租賃和定價；組織實施節約集約用地評價基準地價、建設用地定級等地價制度；土地市場和地價的動態監測；承擔土地使用權價格確認工作；負責國有建設用地供應的審批；指導農村集體建設用地流轉管理；監督土地估價機構。
(8)土地征用與出讓管理科。擬定農用地轉用和集體土地征收、征用及安置補償的辦法和措施；承擔農用地轉用和集體土地征收征用管理工作，承擔報省人民政府審批的農用地轉用和集體土地征收征用審核工作，承擔報州人民政府審批的農用地轉用和臨時用地項目審核工作，負責審批後的監管和備案工作；指導和監督征地拆遷安置補償工作。
(9)礦產資源開發管理司。制定礦產資源開發管理辦法並監督實施，對礦產資源的開發、利用和保護進行指導、監督和檢查；編制並實施礦業權設置方案；負責礦業權市場和資源開采活動的監管；負責礦業權市場的建立和監管；負責礦業權出讓和設立、變更、延續、轉讓的審批和登記；記錄礦產資源開發利用計劃的成果；參與礦產資源補償費的征收管理和采礦權的征收管理；礦業權爭議的調解。負責礦產資源資產管理和國家投資形成的礦業權權益相關工作。
(10)地質勘探儲量管理科。制定地質調查和礦產資源勘查管理辦法並組織實施；負責地質勘查項目和儲量管理的監督檢查；參與礦產資源調查評價，按年度編制探礦權設置計劃；負責地質勘查規劃的監督和實施；組織實施礦產資源調查和戰略性礦產勘查評價，負責監督國家和省財政資助的地質勘查項目和礦產資源勘查，組織實施重大地質勘查項目；承擔地質勘查項目，參與相關經費管理；承擔地質行業管理和地質勘查資質管理；承擔礦山企業儲量監督管理和儲量核實工作；開展地質儲量分析評價，組織儲量評審；負責各類地質資料的收集和管理。
(11)地質與環境部。組織、協調和監督地質環境保護和地質災害防治工作；承擔古生物化石、地質遺跡、采礦遺跡等重要保護區和保護地的監督管理工作；依法管理水文地質、工程地質和環境地質勘查評價工作；組織監測和監督，防止地下水超采引起的地面沈降和地下水汙染引起的地質環境破壞；做好地質環境恢復保證金的收取工作；開展地質災害防治研究，承擔地質災害應急調查，編制地質災害防治規劃；監督地質災害評估機構。
(12)測繪管理科。負責編制本行政區域內的基礎測繪和數字文山規劃，並組織實施；管理本行政區域內的測繪市場和地圖市場，管理和保護法律、法規規定的測繪項目、測繪任務、測繪成果和測量標誌；協助調查處理測繪案件。
(十三)信息技術科。負責全州國土礦產資源信息化建設和管理，研究制定信息化建設發展規劃和年度計劃，並組織實施；負責國土資源信息的統計、分析和發布；組織協調全州國土資源信息技術的應用、推廣和對外交流。
(14)人事教育科。承擔國土資源系統黨風廉政建設和紀檢監察工作，查處國土資源系統幹部違紀違法案件；負責機關及下屬事業單位的機構編制和人事工作；按規定負責縣級國土資源部門領導班子建設和縣級國土資源部門科級幹部的考核、任免、獎懲、退休等相關工作；編制人才規劃、教育培訓計劃，組織教育培訓工作；負責本單位離退休幹部的管理工作。