增值稅、消費稅
國家制定了專門的保稅物流中心（B型）稅收優惠政策。
首先，物流中心外的企業報關進入物流中心的貨物視同出口，由海關辦理出口報關手續，簽發出口貨物報關單，企業可憑出口報關單及其他規定憑證，向主管退稅機關申請辦理出口退（免）稅；物流中心外的企業從物流中心運出貨物，海關按照對進口貨物的有關規定，辦理報關進口手續，並對報關的貨物按照現行進口貨物的有關規定征收或免征進口環節的增值稅、消費稅。
對物流中心內的企業在物流中心內加工的貨物，凡貨物直接出口或銷售給物流中心內其他企業的，免征增值稅、消費稅。對物流中心企業之間或物流中心與出口加工區之間的貨物交易、流轉，免征流通環節的增值稅、消費稅。
企業所得稅
符合條件的小型微利企業減按20%的稅率征收企業所得稅的稅收優惠政策，對於提高物流企業的競爭力具有積極作用。
出口退稅
物流中心外的企業銷售給物流中心內的企業、並運入物流中心使用的國產設備、原材料、零部件、元器件、包裝物料，以及建造基礎設施、加工企業和行政管理部門生產、辦公用房的基建物資，物流中心外的企業可憑海關簽發的出口貨物報關單和其他規定的出口退稅憑證，向稅務機關申報辦理退(免)稅。