在原來的營業稅政策下，物流企業承擔的稅負主要是交通運輸業收入的3%和服務業收入的5%。而“營改增”之後，物流企業則面臨有形動產租賃收入的17%、交通運輸業收入的11%和服務業收入的6%的增值稅稅率負擔(小規模納稅人采用3%的征收率)。
不過，由於兩個稅種不同的計稅方式，所以不能片面地僅從稅率高低上來判斷稅負的大小，如果企業的進項較多，那麽增值稅負可能較營業稅負低，即便進項不多，也還可以選擇按照小規模納稅人的征稅方式納稅，存在著稅務籌劃的空間。
營改增“過渡窗口期如何籌劃
增值稅差額征稅是指試點地區提供營業稅改征增值稅應稅服務的納稅人，按照國家有關營業稅差額征稅的政策規定，以取得的全部價款和價外費用扣除支付給非試點納稅人和特定試點納稅人的規定項目價款後的不含稅余額為銷售額，作為增值稅計稅依據。它是營業稅差額納稅政策的延續，對於滿足《國家稅務總局關於試點物流企業有關稅收政策問題的通知》規定的物流企業可以繼續享受差額納稅，從而降低企業納稅負擔。
我國目前已經認定8批上千家物流企業為試點單位，沒有認定且符合認定條件的物流企業應該申請盡快加入試點企業名單。
企業拆分籌劃法
由於在“營改增”試點下，物流企業認定為壹般納稅人的標準是年營業額達到500萬元，增值稅稅率為11%，相應的進項稅額可以抵扣;否則按照小規模納稅人進行征管，征收率為3%，不存在進項稅額抵扣問題。因此可以通過測算，衡量企業的經營規模和稅收負擔間的關系。
假如試點地區壹家運輸企業A，“營改增”之前適用3%營業稅稅率，2013年企業的營業收入為800萬元，被認定為壹般納稅人購進相關原材料和應稅服務總額為300萬元，可抵扣進項稅額為51萬元(300*17%)，企業的應納增值稅為37萬元(800*11%-51);如果將企業拆分為兩家運輸公司，營業額均為400萬元，認定為小規模納稅人，則應納增值稅合計為24萬元(400*3%*2)，應納增值稅總額降低13萬元。
找到采用拆分方式的臨界點至關重要。假定運輸公司的營業收入為α(α﹥500萬元)，購進可扣除原材料和修理修配等勞務的金額合計為β，在壹般納稅人的計算方式下，則增值稅應納稅額為α*11%-β*17%;如果將公司拆分為n個小規模納稅人，營業額分別為γ1，γ2···(γn﹤500，∑γn=α)，則應納增值稅為γ1*3%+γ2*3%+···=α*3%。
假定拆分前增值稅稅負高於拆分後稅負，則α*11%-β*17%﹥α*3%，得到47.06%﹥β/α，也就是如果壹般納稅人的運輸企業可扣除外購項目金額與運輸收入之比小於47.06%，企業拆分成為小規模納稅人能夠節約稅款。
關於進項稅額的抵扣問題，應註意到在現行法律規定之下，運輸業小規模納稅人可以委托稅務機關按照3%征收率開具增值稅專用發票，運輸勞務的購買者取得發票後按照價稅合計的7%而不是3%進行抵扣，對購買方的壓力將會得到壹定程度的緩解。
另外，如果運輸勞務的購買方為營業稅納稅人或者屬於旅客運輸等不允許扣除進項稅額的項目，運輸勞務的供給雙方將會***贏。
在壹般納稅人提供800萬元不含稅勞務時，除了收取運輸費用，還將收取88萬元的增值稅銷項稅額。購買者雖然能夠得到抵扣，但占用了現金;而拆分後作為小規模納稅人提供勞務，要保持800萬元收入不變，只需要向勞務購買方收取824萬元的價稅合計，可以得到57.68萬元(824*7%)的進項抵扣。
差額納稅籌劃法
由於“營改增”試點範圍內納稅人支付給非試點範圍納稅人的款項具有不同處理方式，這為納稅籌劃提供了空間。壹種是試點範圍內納稅人可以按照財稅〔2011〕111號文件附件1的規定，將支付的金額按照7%的扣除率計算進項處理，另壹種是可以根據財稅〔2011〕111號文件附件2的規定，作直接扣除處理(即差額納稅)。
例如：“營改增”試點地區有壹家物流企業B，“營改增”被認定為增值稅壹般納稅人，當月不含稅營業額為100萬元，該月取得位於非試點地區壹運輸企業開具的公路內河貨物運輸業統壹發票，運費為40萬元。
方案1：B按照運費和7%的扣除率計算進項扣除應納增值稅(VAT)=100*11%-40*7%=8.2萬元方案2：B按照差額納稅的方式計算銷售額應納VAT=(100-40)*11%=6.6萬元從兩個方案的比較可以看出，方案2繳納的稅額較少，與方案1相比可以節約1.6萬元的稅款。
運用差額稅收籌劃方法，企業本身必須是通過《國家稅務總局關於試點物流企業有關稅收政策問題的通知》認定的試點企業。否則，不能運用差額方法籌劃納稅。
稅務籌劃貫穿於經營活動中
目前，我國物流企業主要采用比較傳統的以運輸和倉儲為主要功能的運作模式。所以，“營改增”試點幾乎會全面影響物流企業的日常經營活動。
“營改增”對於物流企業收益最明顯的影響，就在於購置的作為固定資產使用的運輸車輛可以作為進項扣除，從而大大減輕了企業的稅負，這對處於擴張期、需要大規模投資的物流企業來說，收益尤為明顯。
有些物流企業需要采購由供應商提供的車輛運輸服務和其他方面的物流服務，比如倉儲服務等，“營改增”試點稅收政策通過影響企業不同決策的成本，影響企業的采購決策。
提供車輛運輸服務的稅務籌劃
“營改增”對物流企業經營決策的影響，體現在營業稅和增值稅對企業決策成本計量的核算方式不同。
例如：位於試點地區的壹家物流企業C被認定為增值稅壹般納稅人，其汽車運輸供應商S1、S2分別位於試點地區和非試點地區，假設2013年1月兩家供應商均向C公司提供不含稅價格100萬元的運輸服務，那麽：對於S1供應商，C需要支付的價稅合計金額為：
100+100*11%=100+11=111萬元
其中，100萬元計入成本，11萬元可以憑增值稅專用發票作為進項稅額抵扣，由於增值稅是價外稅，所以相應的進項稅額不能計入成本費用。
對於S2供應商，C需要支付的金額為：
100+100/(1-3%)*3%=103.09萬元
在此情形下，實際支付的103.09萬元都可以計入相關成本費用。
即兩個供應商對C公司的報價分別是111萬元和103.09萬元。從表面上看，S2供應商的報價更低，但由於增值稅抵稅的核算方式，實際上選擇S1供應商更有優勢，只是需要C公司預支待抵扣的增值稅款而已，企業可以結合自身的現金持有政策做出抉擇。
提供倉儲服務的稅務籌劃
財稅〔2011〕111號文件對納入“營改增”範圍的倉儲服務定義為：“利用倉庫、貨場或者其他場所代客貯放、保管貨物的業務活動”。而在現實的操作過程中，物流企業應當嚴格區分兩類合同：倉儲保管合同和倉庫出租合同。
兩項業務都屬於倉儲服務，但是倉庫出租同時又屬於不動產出租，屬於營業稅的征稅範圍，這就為稅收籌劃提供了空間。“營改增”試點並沒有將不動產出租納入試點範圍，即其仍然按照5%的稅率繳納營業稅。
如試點地區壹物流企業D被認定為增值稅壹般納稅人，將自有的倉庫出租給其他企業，擬收取價稅合計200萬元。
如果選擇按照倉儲業務繳納增值稅，則D企業實際能得到200-200/(1+6%)*0.06=200-11.32=188.68萬元。
如果選擇按出租不動產繳納營業稅，則實際能得到200-200*5%=190萬元。
顯然選擇繳納營業稅對D企業更有利。針對倉儲服務進行稅收籌劃要提防籌劃風險，在合同中明確規定雙方的權利和義務，因為壹般情況下，倉儲業務負有更大責任，因此企業應結合自身經營情況準確籌劃。
租賃物流設備(動產)的稅務籌劃
此類籌劃主要是針對物流企業在“營改增”試點前發生的動產租賃業務，財稅〔2011〕111號文件稱之為“跨年度租賃”：即試點納稅人在該地區試點實施之日前簽訂的尚未執行完畢的租賃合同，在合同到期日之前繼續按照現行營業稅政策規定繳納營業稅。簽訂合同的日期對企業承擔的稅負具有很重要的決定性作用。
如試點地區的壹家物流企業E為壹般納稅人，該公司在2012年1月與另壹家企業簽訂3年的設備租賃合同，合同金額30萬元(平均每年10萬元)。
如果壹次性簽訂3年的合同，則按照租賃業5%的稅率繳納營業稅：E企業應繳納營業稅額=30*5%=1.5萬元;企業實際得到30-1.5=28.5萬元。
如果每年簽訂壹次，按照“營改增”相關規定，租賃合同為試點開始日後簽訂執行，合同標的物為試點前購進或者自制的有形動產，應繳納增值稅，可選擇適用簡易計稅辦法或壹般計稅方法計繳。
如E企業選擇按照簡易方法計稅，則2012年繳納營業稅額=10*5%=0.萬元;2013年、2014年增值稅銷項稅額=20/(1+3%)*3%=0.58萬元;企業實際得到30-0.5-0.58=28.92萬元。
如E企業選擇按照壹般計稅方法納稅，則2012年繳納營業稅額不變;2013年、2014年增值稅銷項稅額=20/(1+17%)*17%=2.91萬元;沒有相應進項稅額可以抵扣，企業實際得到30-0.5-2.91=26.59萬元。
三種情況比較，發現按照選擇簡易方法對E企業更為有利。