對物流業務征稅，要根據物流業務的具體功能並對照現行稅法規定來分析，納稅檢查也要圍繞相應的經濟事項進行。從稅收的角度講，物流業務包括以下幾個項目。
其壹，交通運輸業務。物流企業提供搬運、裝卸、運輸勞務取得的收入，屬於營業稅"交通運輸業"稅目的征稅範圍，適用3%的稅率。
其二，服務業務。物流企業提供儲存、保管、信息勞務取得的收入屬於營業稅"服務業"稅目的征稅範圍，適用5%的稅率。
其三，增值稅業務。物流企業提供包裝、流通加工勞務取得的收入屬於增值稅的征稅範圍，其適用稅率要根據納稅人應繳納的增值稅所適用的增值稅率情況來確定。
其四，混合銷售業務。物流企業提供配送勞務取得的收入屬於混合銷售收入。因為物流企業壹般是以提供營業稅勞務為主，所以對於物流企業的混合銷售行為(在提供營業稅勞務的同時提供包裝、加工等增值稅勞務的)應當征收營業稅，但是，根據財政部、國家稅務總局(94)財稅字第026號通知規定，從事運輸業務的單位和個人，發生銷售貨物並負責運輸所售貨物的混合銷售行為，征收增值稅。
其五，兼營業務。如果物流企業在提供交通運輸業勞務時，同時提供服務業勞務的，應當分別核算不同稅目的營業收入，並分別申報繳納交通運輸業營業稅和服務業營業稅。凡未按規定分別核算應稅收入的，壹律從高適用稅率，按"服務業"稅目征收營業稅。如果物流企業兼營營業稅勞務和增值稅勞務，能夠分別核算營業稅收入和增值稅收入的，可分別申報繳納營業稅和增值稅;不能分別核算收入的，壹律征收增值稅。
從目前企業的生產經營情況來看，物流業務涉及到所有納稅人。從稅務管理系統提供的信息反映，目前對物流業務的處理存在的問題較多。主要的有兩個方面：
其壹，對運輸業務的稅收政策把握不準確，導致大量運輸中所含的增值稅不能抵扣。
其二，技術操作不當，導致企業運輸的稅收成本加大。
有鑒於此，我們有必要從有關物流企業的稅收政策的具體規定的分析開始，討論如何進行納稅檢查。另外，對於聯運業務，財政部、國家稅務總局《關於營業稅若幹政策問題的通知》(財稅[2003]16號)規定，經地方稅務機關批準使用運輸企業發票，按"交通運輸業"稅目征收營業稅的單位將承擔的運輸業務分給其他運輸企業並由其統壹收取價款的，以其取得的全部收入減去支付給其他運輸企業的運費後的余額為營業額。由於目前我國的物流企業的物流業務仍是以交通運輸業務為主，所以在這裏我們以交通運輸業務的營業稅檢查作為討論的重點問題。