在大帆船成為西班牙艦隊的中流砥柱的那壹段時間，船員是按照制定的配額進行分派的，其中最基本的準則就是根據其噸位，每噸可以分派到壹名船員，在戰爭或遠征期間，這壹比值將上升為壹個半。實際上大帆船上的人員配備相當的復雜，平均每個噸位只分派了半個船員，支付酬勞所引發的財政問題是削減人員規模的主要原因。1550年航行在印度群島的船只上，每5.5噸才分派到壹名水手，當然，船員的數量還要加上軍官和士兵。到了1629年，每6.25噸配備壹名水手，每4噸配備壹名士兵被認為是壹個實用的計算規則。在戰爭期間，船員的數量會明顯的增加，除了配備標準數量的船員外，大帆船常常充當運兵船的角色，橫跨大洋或者前往西屬尼德蘭，亦或是執行兩棲登陸任務。1601到1613年間的艦隊護航記錄顯示，除去士兵，平均每艘大帆船配備大約90—100名船員，除了熟練水手的比重得到提高外，各類人員的比例在這段時間沒有太大的變化。17世紀初的壹艘500噸的大帆船船員的典型配置是：15名軍官，26名水手，19名見習水手，10名雜役以及21名炮手，91人，每5.5噸分派壹人。在使用了前面的公式計算後我們可以知道，這艘船的甲板上還配備了壹隊大約125人的士兵，這樣人員的總數大約就有216人，這沒有包括臨時性的雇工和乘客，或者是船上被運送的軍隊。這壹數值反映了那個時代壹艘西班牙大帆船人員的配備情況，盡管根據需要，不同的大帆船在配備士兵的數量上可能會有高達25%差異，但正如妳所看到的，西班牙大帆船上配備的士兵的數量是那樣的高的令人側目。
壹支艦隊或者是壹艘船的組織結構是被明確定義的，無論它是前往印度群島的獨立艦隊還是更大艦隊的壹部分，大帆船艦隊都有壹名由國王指定的總司令負責指揮。事實上，使用“分艦隊”這壹術語倒更加合適，大部分的大帆船艦隊都由超過12艘船組成，這還沒有算上那些被保護著的商船。胡安-艾斯卡蘭特在他1575年的報告中是這樣描述理想的總司令：“他人品出眾，擁有良好的家庭和出生，西班牙本土人士，是個祈誠的基督徒，並擁有豐富的航海經驗，正處在年富力強的當幹之年。”奇怪的是，大部分的總司令都很符合這個觀點，他們是貴族出身，富有騎士風度，深諳為官之道，熟悉外交，懂航海，通軍事，極富責任心且敢於挑戰，是西班牙的戰爭機器。總司令帶著王室的官員和自己的隨從，乘坐在旗艦上。艦隊中的第二指揮官是由總司令任命的艦隊司令，他的主要職責是艦隊的航行，戰鬥中的隊型，維護和補給方面的所有事務及相關準備工作。艦隊司令所必須掌握的航海技能可能要更多壹點，通常情況下，艦隊司令旗艦的位置安排在整個艦隊的最後面，或者與總司令旗艦位置相反。
在單獨的壹艘船上，艦長是屬於高級官員的，在16、17世紀有兩種不同類型的指揮官。海軍的艦長擁有非常專業的航海技能，雖然是船上的高級官員，不過他們無權指揮船上所運載的軍隊。還有壹類艦長是非常稀缺的，他們通常是陸軍出身，還需要依靠運行船長（他所充當的角色在下文中會介紹到）來運作船只。通常這類艦長是由司令部直接任命的，在理論上他可以指揮船上的所有人，但他往往缺乏或者根本就沒有航海的經驗。當艦長已經擁有合適的航海和軍事經驗後，他多半還將被作為壹名陸軍指揮官，在航行中所積累的航海經驗在其官場道路上的作用微乎其微。當其他列強享受著專業艦長指揮的優越時，西班牙人帶著他們的聯合管理制很好步入17了世紀。
運行船長是令水手們信服的首領，艦長負責管理時，由運行船長在負責執行；在艦長負責指揮船上的步兵的時候，船實際上是由運行船長指揮的。胡安-艾斯卡蘭特是這樣描述理想的運行船長的：“他是熟練的水手，自信而值得托付。”他將運行船長比作在蜂窩中的蜂後，和其他軍官不同的是，他們往往要在壹艘船上度過他的整個服役期，負責整艘船的航行、供應和維護。進入17世紀以後，隨著管理工作的不斷增加，運行船長的很多日常性的工作開始交由大副來負責。領航員的地位緊緊的排在他們的後面，他負責航行的安全性，在艦隊中，總領航來決定整支艦隊的航行路線，每艘船都要跟隨著他的領導。他們和引水員是不壹樣的，引水員通常是在瓜達爾基維爾河道這樣的河流和沿海才登上船的。船上再低壹個等級的官員就是水手長了，作為運行船長的助手，他們要負責操縱和維護帆和繩索，確保船只平穩的航行，他能得到負責甲板上安全用火的助理水手長的協助。另壹個助理是乘務長，他負責工作是保存和分配食物、水和酒，以及補給短缺時的配給。船上還有壹名海員要充當警察的角色履行協助制暴的職責，關於炮長職責的描述我們將在下面進行介紹。
除了上述的職務外，壹般大帆船上還要配置壹定數量額外的官員，他們的職責和船只的航行無關。稅務官是用來統管在印度群島艦隊中負責運送資金的船只的，他們由印度群島的納稅部門直接任命，對船上的財富無論公私與否都要進行登記，從而能確保收取到合適的稅收。有好幾名辦事員來協助稅務官的工作，通常稅務官只是登上艦隊的旗艦，而他們則要被分派到艦隊中其他需要登記財富的船只上。艦隊中另壹名帶有官僚主義色彩的職務是巡查官，他代表了國王在艦隊中的全部經濟利益，無論船上是否裝有財富。在每壹艘船上的公證員也是由ZF指定的，他們負責記錄船上的貨物變動情況。其他的壹些額外人員還包括由總司令任命的隨軍牧師和可以由艦長指定的外科醫生等等。
在所有的成員當中，除了少數的專業人員外，水手們被分為四類：全職海員、見習海員、少年海員、炮手。專業技術人員包含著那些沒有軍銜的崗位，他們被統稱為技工，包括木工、潛水員、修理師、塞縫工和號手。炮手們通常認為他們比其他水手更高壹級，他們嚴格的按照規程維護著火炮並在戰鬥中操縱它們同時負責指導壹名非專業的水手。相對於通常只有十幾歲的需要在海上學習技藝的見習海員，全職海員顯得更加富有經驗。在帆船時代的大部分船只上我們可以看到這樣類似的技術分類。海員中地位最低的就是少年海員，他們多在12-16歲，壹部分可能是服役官員的親戚或者是朋友，但更多的則是流浪兒或者逃亡者。他們包下了所有的仆役工作，擦桌子、供夥或者協助海員等。由全職海員安排，水手中會分兩班或者三班守夜，保證船只在夜間也能航行，當值的水手可以招呼沒有當值的全職海員以獲得援助。
最後介紹的是船上的士兵，他們有著自己的組織，艦隊中所有的士兵都歸總司令指揮。步兵司令往往是壹艘非旗艦的艦長，總司令需要依靠他的幫助來完成士兵的指揮工作。每艘船上的士兵又由他們的陸軍出身艦長負責指揮。實際上船上的步兵有著和西班牙陸軍壹樣的組織結構，由壹個負責士兵訓練和膳宿的陸軍指揮官來協助艦長完成指揮工作，由士官來負責管理士兵們的壹些日常活動。和現在陸軍“排”的編制相似，每25名士兵被分為壹個中隊，由壹名士官擔任中隊長。和海員壹樣，士兵也被按照其經驗劃分等級，經驗豐富的老兵拿著最豐厚的薪水，這包括壹名旗手、兩名鼓手和壹名風笛手，另外滑膛槍兵和火繩槍兵的待遇會比其他士兵更好壹些。根據當時的壹份檢查目錄來看，西班牙大帆船上有壹半的士兵裝備的是長矛和戟，剩下士兵分別裝備了滑膛槍和火繩槍。