根據部門職責，自治區財政廳內設以下處(室、局)：
（壹)辦公室（政工人事處、機關黨委）
負責協調廳機關工作；負責機關文秘、翻譯、檔案、機要、保密、機關財務、資產管理、安全保衛等工作；負責財政信息和財政宣傳。（下設秘書科、財務科）
政工科（政工人事處、機關黨委）負責廳機關政治思想、宣傳教育、計生工作；負責廳機關及廳屬單位的人事工作和區內外離退休人員管理以及廳屬企事業單位會計系列職稱評聘工作；負責廳系統幹部業務培訓工作，管理財政廳幹部培訓中心，並指導全區財政系統業務培訓；協調有關部門承辦財政廳委培的財政專業畢業生分配和派遣工作；負責指導管理廳屬企事業單位人事工作、工資福利審批等工作；負責廳機關黨組織建設、黨員教育管理、發展黨員、指導各黨支部開展黨的各項活動及指導工青婦工作。
(二)綜合處(稅政處、條法處)
編制財政中長期規劃，研究財政發展戰略和分配政策；分析全區財政經濟運行情況；提出運用財稅政策實施經濟調控的建議及住房、物價、國有土地使用制度調整改革和其他經濟體制改革的政策性建議；負責財政科研工作；負責綜合性財政統計工作；負責管理全區行政事業性收費和有關政策的擬訂及收費立項工作，並代管自治區票據管理中心：負責外國政府貸款業務；負責指導全區非貿易外匯財務管理，核批黨政幹部因公出國用匯指標；研究擬訂我區的稅制建設規劃，稅制改革方案和稅收管理體制，擬訂、審核、協調中央賦予我區地方稅政管理權限的地方各稅的稅收政策；參加全區稅收的普查、統計、分析及稅源和收入結構的調查；承擔關稅政策的聯絡工作；擬訂財政立法規劃和年度立法計劃、研擬地方性財政財稅法規、規章草案；審核地方性部門法規、規章草案中有關財稅條款；負責財稅法規、規章的匯編及財政系統的法制宣傳教育，辦理財政行政復議事項。
(三)預算處
負責編制自治區總預算及自治區部門預算，負責自及自治區資金的分配和平街；負責編制全區年度財政收支預算（草案）；管理財政專項資金投放項目庫，匯總審定各部門人員經費和公用經費支出標準和定額；審查和批復部門預算：提出增收節支和平衡財政收支的政策措施與建議；研究擬訂全區預算外資金管理政策以及編制自治區本緞預算外資金收支計劃；統壹辦理預算追加事宜：擬訂自治區與地市的分配政策草案，指導地縣財政工作，監督財政資金使用效益；監督信托、證券的財務工作。
(四)行政文教處
負責擬訂行政、事業性經費的財務管理制度，組織貫徹《行政單位財務規則》、《事業單位財務規則》；會同分管部門研究提出經費開支標準、定額建議；研究提出下年度預算編制部門需考慮的因素；研究提出財政支持的項目，組織可行性分析論證，提出預算安排的重點及順序；審核提出下年度專項資金支出預算建議；對專項資金追蹤問效，監督項目實施中資金的管理使用和資金配套到位情況，進行項目完成後的效益考核，制定部門、單位和項目資金使用的財務管理
辦法；審核分管部門和單位的年度財務決算；負責全區行政事業單位國有資產管理。
(五)經濟建設處
參與擬訂財政投資領域的政策和項目安排計劃；審查財政投資建設項目概(預)決算，參與工程招標及財政投資項目建設過程中的管理；對財政性建設項目進行效益分析評價；管理財政性基建專項資金和監督部門、單位自籌基建資金；參與建築安裝工程概(預)算定額和收費標準的制定；會同分管部門研究提出經費開支標準、定額建議；研究提出財政支持的項目，組織可行性分析論證、提出預算安排的重點及順序；審核提出下年度專項資金支出預算建議；對專項資金追蹤問效，監督項目實施中資金的管理使用和資金配套到位情況，進行項目完成後的效益考核，制定部門、單位和項目資金使用的財務管理辦法；審核分管部門和單位的年度財務決算。
(六)農業處
負責編制全區支農資金的中長期規劃；參與農牧綜合開發項目的調研立項、財務管理工作；管理糧食自給工程，協同有關部門分配糧食自給工程資金，參與項目管理；參與擬訂促進農業科技進步及有關農口財政、財務政策制度；參與擬訂農業項目審查、立項和管理，監督資金使用情況，參與項目的竣工驗牧；會同分管部門研究提出經費開支標準、定額建議；審核提出下年度專項資金支出預算建議；對專項資金追蹤問效，監督項目實施中資金的管理使用和資金配套到位情況，進行項目完成後的效益考核，制定部門、單位和項目資金使用的財務管理辦法；審核分管部門和單位的年度財務決算。
(七)企業處
參與自治區產業政策和企業政策的研究；統壹管理自治區內國有企業、自治區內地辦事處企業的資產和財務(農業處分管的企業除外)；負責全區糧食及糧食企業的財務監督管理；負責《企業財務通則》的貫徹執行，貫徹和制定企業國有資產基礎管理的各項制度；組織實施國有資產產權的界定、登記、劃轉、轉讓、糾紛調處和仲裁等；負責全區資產評估項目的立項審核及確認，擬訂企業分配關系改革的有關政策；監交國有資產收益；參與國有企業的租賃、拍賣、兼並、破產、企業集團和股份制等改革工作，並擬訂相應的財務管理辦法；負責辦理企業相關財政補貼的審定；管理技術改造、簡易建築、科技三項費用等專項資金；參與國有企業的工資、住房、社會保障和價格改革。
企業處擔負統計評價職能，負責全區國有資本金的統計分析及匯總有關資料；擬訂清產核資辦法，組織實施清產核資工作；組織建設國有資本金統計信息網絡。
(八)監督檢查局(會計處)
監督檢查全區單位預算執行情況和廳屬職能處(室)業務活動情況，並對違法違紀行為提出處理意見；研究擬訂財政監督措施。受財政部委托，對中直單位實施財政監督，承擔自治區財務檢查的日常工作；組織貫徹國家制定頒布的有關會計法律、法規和制度，並檢查執行情況：負責擬訂全區會計管理規定、辦法和對全區會計人員的管理，組織會計人員的業務培訓；負責會計委派制的試點工作：組織實施會計專業技術資格考試及會計系列高級技術資格的評審、申報工作；對自治區會計師事務所等中介機構的執業質量實施監督；管理指導自治區註冊會計師協會。
(九)社會保障處
參與研究社會保障制度的改革措施和有關政策；編制自治區級社會保障預算草案；爭取中央財政幫助我區建立健全社會保障體系；管理屬自治區財政預算的社會救災救濟、勞動就業、醫療保險(包括公費醫療)等方面的財務和資金；擬訂職工退休養老等社會保障基金的財務管理制度；組織實施對社會保障資金使用的財務監督。
(十)國庫處（政府采購管理辦公室）
負責協調財政、稅收、金庫之間的工作關系；負責與財政審計有關的工作；提出並擬訂金庫管理制度；負責自治區財政資金調度；跟蹤分析預算執行情況；負責總預算會計工作，辦理預算內外資金收支結算劃撥；匯總自治區部門的決算，會同有關處編制自治區財政決算；統壹負責政府采購工作，對全區政府采購信息進行統計分析，研究和推行國庫集中支付制度；牽頭管理部門和單位人員工資發放銀行化工作；指導全區社會集團購買力的管理和辦理自治區級審批工作。
負責擬訂政府采購管理的地方法規草案、規章、制度，編制預算需求和計劃，執行年度預算；審核、支付采購資金；編制采購目錄；承擔采購方案和公開招標以外的采購方式的審核報批；監管采購合同的制訂與履行情況，承擔采購合同的補充、變更、終止等事項的審核報批；擬訂采購供應商資格認證、備案、監管辦法並依法管理；擬訂采購評審專家的資格管理辦法；負責監督檢查政府采購活動；承擔自治區財政廳交辦的其他事項。
(十壹)紀檢組(監察室)
貫徹落實紀檢監察的工作方針，負責處理人民來信來訪，受理群眾舉報；負責廳系統黨風廉政建設和黨員幹部、職工違紀違法的查處；負責廳系統黨紀黨風的教育和糾正部門和行業不正之風工作；承辦自治區紀檢委(監察廳)交辦的其他工作。
(十二)政策研究室
制定財政政策研究的中長期規劃和年度計劃，並負責組織實施；組織開展財經科學研究、重大問題調查研究及其具體課題、項目的審定；負責對課題、項目實施情況進行日常管理、協調和監督；組織課題、項目成果的評審；管理廳機關財政政策研究專項經費；指導地（市）財政政策研究工作；承擔財政廳機關綜合性材料的起草；編輯出版《西藏財政研究》等。
（十三）自治區農牧稅費改革試點工作領導小組辦公室（掛靠綜合處，與綜合處合署辦公）
負責擬訂農牧區稅費改革試點方案和實施方案；擬訂我區農牧區稅費改革所涉及的各項配套政策；擬訂中央對我區農牧區稅費改革專項轉移支付資金的分配方案和向下轉移支付辦法；負責農牧區稅費改革試點工作情況的分析、匯總工作；承擔領導小組交辦的其他事項。