研究生教育始於1981年，並於同年成立研究生教育管理機構——研究生科，是文革結束後全國恢復高等教育以來，較早招收培養研究生的院校之壹。隨著研究生培養規模的不斷擴大，1986年學校成立研究生處，1990年更名為研究生部。
經過二十多年的建設與發展，尤其是通過211工程九五十五期間重點建設以來，我校研究生教育已形成以經濟學和管理學為主體、金融學為重點，其它學科協調發展的研究生培養格局，培養規模和水平都上了壹個新臺階。學校現有金融學、政治經濟學、會計學、統計學4個國家級重點學科；有財政學等12個省部級重點學科；有理論經濟學、應用經濟學和工商管理3個博士學位授予權壹級學科；有30余個博士學位授權點，60余個碩士學位授權點（含MBA和EMBA、法律碩士、會計碩士、公***管理4個專業學位）；有全國高校金融學科唯壹的重點研究基地――中國金融研究中心。
西南財經大學研究院是全國首批招收工商管理碩士(MBA)的試點單位之壹，是全國首批30所招收高級管理人員在職攻讀工商管理碩士學位（EMBA）的院校之壹。 二十多年來學校***培養出碩士研究生8400余名，博士研究生880余名。為國家經濟建設輸送了大批思想品德優良的創新型、應用型高素質人才。
為了適應市場經濟的發展、我國加入WTO及科教興國的需要，學校積極擴大研究生教育規模，並在管理制度化、管理信息化、管理觀念轉變與培養模式創新、全面提高研究生培養質量等方面作了大量有益的探索和改革。在學校的領導下，研究生教育發展迅速，取得了突出的成績。1999年，研究生部被教育部授予全國學位與研究生教育管理工作先進單位稱號。
2011年11月14日，經學校黨委常委會研究決定，成立西南財經大學研究生院，標誌著西南財經大學學位與研究生教育進入壹個新的更高發展階段。研究生院的成立，是西南財經大學全面貫徹國家教育改革發展規劃綱要、深入推進國家教育體制改革試點項目的重要舉措，是西南財經大學堅持走以質量提升為核心的內涵式發展道路、建設特色鮮明高水平財經大學的戰略選擇，也是多年來西南財經大學研究生教育深化改革創新發展、艱辛實踐長期積澱的必然結果。
研究生院成立後，將緊密圍繞“質量優先，內涵發展”戰略主題，建立和完善研究生院管理體制和運行模式，著力改革創新研究生教育體制機制，不斷推進開放辦學和國際化發展，努力探索新時期我國高等財經院校研究生教育發展道路，為國家金融經濟建設和西部地區經濟社會發展做出新的更大貢獻。