農村合作醫療的報銷流程可分為以下幾個部分:
I .報銷所需的信息
1.門診報銷資料:門診發票、合作醫療證歷(或病歷)。
2.住院報銷材料:住院發票、合作醫療證(或病歷)日歷、費用明細清單、出院小結等相關證明。
3、門診特殊疾病報銷資料:門診發票、特殊疾病合作醫療證歷。
4.特殊疾病辦理資料:特殊疾病門診治療建議書、合作醫療證日歷、病歷、相關化驗報告、照片。
二、報銷流程:
參保戶向村(社區)合作醫療聯絡員提交報銷所需材料，經村(社區)合作醫療聯絡員審核後報鎮合作醫療聯絡員，由鎮合作醫療聯絡員送區農辦報銷。
新型農村合作醫療報銷指南
住院報銷程序:
醫院直接報銷:
因病辦理住院手續時，憑醫院出具的新農合證明直接參加報銷。
鎮新型農村合作醫療辦公室報銷:
報銷材料由個人持到新農合辦公室，鎮農醫辦上報縣農醫辦報銷後，由鎮農醫辦電話收取報銷費用。
所需材料:出院證明、正式發票、費用清單、戶口本、身份證、農村合作醫療證。
異地住院，需要準備:住院總結、首次住院病程記錄、出院記錄。
區外住院，需要準備:入院記錄和出院記錄。
外傷住院，還需要準備:外傷證明、入院記錄。
(外傷證明——當地村社出具的詳細證明，並加蓋村委會公章)
產科住院:
在當地醫院正常分娩需要:出生證和準生證。
外地正常分娩需要:出生證、準生證、入院記錄、出院記錄。
剖腹產(本地或外地)需要材料:出生證、出生證明、入院記錄、出院記錄。
特殊門診的處理:
對壹年內從未住院的糖尿病、高血壓(ⅱ期及以上)、惡性腫瘤(放化療)、精神病、白血病、肝硬化、尿毒癥(門診透析)、系統性紅斑狼瘡、慢性風濕性心臟病、腦血管意外等特殊疾病患者，全年累計門診費用按比例年終補償(註:在縣內定點醫療機構確診後，到醫院填寫申請表，再到縣農合中心辦理。