第二款轉讓其他公司股份取得的收益規定，第十三條第五款，關於轉讓公司股份取得的收益，該項股份又相當於壹方居民公司至少25%的股權時，可以再該壹方征收的規定，執行時暫按以下原則掌握:即如香港居民曾經擁有內地公司25%以上股份，當其將該項股份全部或部分轉讓並取得收益時，內地擁有征稅權。
第三款明確，雖有上述規定，雙方可以通過磋商對“曾經”另行商定具體時限。
根據上述規定，香港居民企業轉讓內地居民企業股權，如果內地企業的財產主要由不動產組成，香港居民企業取得的股權轉讓所得應在境內繳納企業所得稅，根據《企業所得稅法》及條例規定，企業所得稅稅率為10%。
如果內地企業的財產不是主要由不動產所組成的，如果香港居民企業壹直持有境內居民企業的股權少於25%的，香港居民企業取得轉讓境內居民企業股權取得的所得不需要境內繳納企業所得稅，即可享受稅收協定免稅待遇，香港企業應按《國家稅務總局關於印發<非居民享受稅收協定待遇管理辦法(試行)>的通知》(國稅發[2009]124號)規定向主管稅務機關提交資料，以審批後方可享受免稅待遇;如果香港居民企業持有(含曾經持有)境內居民企業的股權不少於25%的，香港居民企業轉讓境內企業股權取得的所得，應在境內繳納企業所得稅，稅率為10%。
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