國家稅務總局上海市浦東新區稅務局，是由原上海市浦東新區國家稅務局、地方稅務局合並而成。2018年7月5日，國家稅務總局上海市浦東新區稅務局正式掛牌，原上海市浦東新區國家稅務局與原上海市浦東新區地方稅務局正式合並，標誌著浦東新區深化國稅地稅征管體制改革邁出紮實壹步。
國家稅務總局上海市浦東新區稅務局的主要職責是:
(壹)負責貫徹執行黨的路線、方針、政策，加強黨的全面領導，履行全面從嚴治黨責任，負責黨的建設和思想政治建設工作。
(二)負責貫徹執行稅收、社會保險費和有關非稅收入法律、法規、規章和規範性文件，研究制定具體實施辦法。組織落實國家規定的稅收優惠政策。
(三)負責研究擬定本區局稅收、社會保險費和有關非稅收入中長期規劃，參與擬定稅收、社會保險費和有關非稅收入預算目標並依法組織實施。負責本區局稅收、社會保險費和有關非稅收入的會統核算工作。組織開展收入分析預測。
(四)負責開展稅收經濟分析和稅收政策效應分析，為國家稅務總局上海市稅務局和區委、區政府提供決策參考。
(五)負責所轄區域內各項稅收、社會保險費和有關非稅收入征收管理。組織實施稅(費)源監控和風險管理，加強大企業和自然人稅收管理。
(六)負責組織實施本區局稅收、社會保險費和有關非稅收入服務體系建設。組織開展納稅服務、稅收宣傳工作，保護納稅人、繳費人合法權益。承擔涉及稅收、社會保險費和有關非稅收入的行政處罰聽證、行政復議和行政訴訟事項。
(七)負責所轄區域內國際稅收和進出口稅收管理工作，組織反避稅調查和出口退稅事項辦理。
(八)負責增值稅專用發票、普通發票和其他各類發票管理。負責稅收、社會保險費和有關非稅收入票證管理。
(九)負責組織實施本區局各項稅收、社會保險費和有關非稅收入征管信息化建設和數據治理工作。
(十)負責本區局內部控制機制建設工作，開展對本區局貫徹執行黨中央、國務院重大決策及上級工作部署情況的督查督辦，組織實施稅收執法督察。
(十壹)負責本區局基層建設和幹部隊伍建設工作，加強領導班子和後備幹部隊伍建設，承擔稅務人才培養和幹部教育培訓工作。負責本區局績效管理和幹部考核工作。
(十二)負責本區局機構、編制、經費和資產管理工作。
(十三)完成國家稅務總局上海市稅務局和區委、區政府交辦的其他工作。
註:相關社保費和有關非稅收入征管職責劃轉準備工作還在進行中。