1936年10月，遊擊隊在南江縣焦家河畔石窟召開全體會議，批判了遊擊隊領導劉子才在軍事上的錯誤，並撤銷其領導職務，糾正了“左”傾思想路線。制定了“打陜安川”的鬥爭策略，取消了縣委，改“獨立師”為遊擊營，選舉趙明恩為營長，下轄壹個獨立連和兩個隊（兩個班），營部移駐南江桃園寺。
這次會議，健全了組織，整編了部隊，增強了戰鬥力，加強了統戰工作，遊擊隊又進入了壹個發展壯大時期。為了求生存、求鬥爭、求發展，采取了壹系列正確的鬥爭策略。
宣傳黨的政策，擴大革命影響。遊擊隊派人到通江、南江、南鄭、廣元、旺蒼等地書寫、張貼革命標語，讓小商小販把標語帶到集市、場鎮散發，用塗上生漆的木板寫上標語，放入河流，漂入漢水、長江，廣為傳播。
打擊地主惡霸，保護農民利益。依靠桃園原蘇維埃幹部群眾，消滅頑固的地主惡霸勢力，解除對農民的經濟剝削和政治壓迫。實行打富濟貧，所得錢財部分用於部隊建設，部分幫助貧困農民。在根據地內不征糧、不收稅。
實行“納稅保商”，發展商業貿易。依據川陜省蘇維埃稅務條例及經濟公社的經營方針，對大宗商品征什壹稅，對小商小販免稅，並武裝保護過境客商安全，1937年1月在南江鐵爐壩設立厘金局開始收稅。
加強自身建設，作好長期準備。此時黨員發展到60人，成立了1個黨支部、5個黨小組，連上建立了黨小組，由趙明恩任黨支部書記。經常開展政治教育，遊擊隊官兵的座右銘是“吃平等、穿平等、命令來了不平等。”完善部隊建制和後勤部門，部隊按實戰的標準訓練，還特別進行了“耐寒”訓練，在無霜期僅有半年的高寒山區，壹年四季不蓋被子。大量儲備武器和糧食（油米子），“3年不生火，照樣能過活”。
由於采取了正確的措施，1937年夏至年底，遊擊隊進入了全面恢復和發展的時期，遊擊隊員自稱為“幸福時期”。部隊由50多人發展到600多人，根據地從無到有，建立了以大小園包、鐵爐壩、回龍溝（包括整個桃園）為中心的縱橫約100裏的根據地，遊擊區域北達漢中南部、東迄通江西部，西至廣元東部，南至南江北部，縱橫約300公裏。 1935年6月，紅四方面軍在甘孜與壹方面軍會師後，毛澤東就曾關切地問紅四方面軍總政治部主任傅鐘：“蘇區還留有多少紅軍？”，9月張聞天在《發展著的陜甘蘇維埃對敵運動》中提出：要同“通南巴遊擊隊取得配合，協同動作及匯合”。後雖然多次聯系，終因國民黨拒不承認這支遊擊隊的合法地位和種種復雜原因，遊擊隊無法按中央指示“開赴延安”。
1937年5月，黨中央派何孝林（原營山縣蘇維埃主席，長征中負責隨軍家屬工作）從延安給遊擊隊送來信件、書報、地圖和4套八路軍軍服樣品，通知遊擊隊開赴延安，由於劉子才認為此通知與“留守蘇區”精神不符，提出若原先在部隊來壹名認識的人就好辦了。1937年9月，第二次國***合作實現，黨中央要求國民黨承認巴山遊擊隊的合法地位，國民黨拒不承認。1937年10月，中***中央將南方8省13個地區的紅軍遊擊隊改編為新四軍後，再次派何孝林回川，向遊擊隊介紹國內革命形勢、紅軍及各省遊擊隊改編情況，對遊擊隊工作作出了指示。
1938年2月，派王正坤（原紅四方面軍33軍259團團長），由中***漢中工委具體安排到距桃園約160裏的南江縣興馬坎經商，化名陳柯，同遊擊隊專門作長期聯系。1938年8月，王正坤將遊擊隊要求聯系人需持有陳昌浩、張琴秋照片或親筆信的要求轉達給中央，1939年夏，中央指示將信件和照片交中***川康特委，特委指定由中***閬中中心縣委書記饒茂文親自辦理。恐發生誤會，周恩來再請在延安的趙明恩之妹趙明貞拍了照片，寫了親筆信，並由趙明恩的同學、曾在家鄉壹個黨支部***同戰鬥過的魏傳統，以中央組織部的名義寫了壹封長信，壹並經蔡暢交給中***漢中特委辦理，不幸，由於種種原因沒能送到遊擊隊。
1940年春末，黨中央尚不知遊擊隊已失敗，又經八路軍辦事處，派楊桂林到南江聯系，楊到巴中即被捕。
巴山遊擊隊指戰員也在時刻想念黨中央，曾多次給劉伯承寫信，派人到延安，但未能與黨中央取得聯系。 1938年11月，胡宗南任命28軍新編9師師長楊曬軒為“巴山清剿指揮”，以兩個團的兵力對遊擊隊進行“鐵壁合圍”，於1939年2月開始進行“清剿”。遊擊隊利用嚴寒的氣候、林密的高山，以連為單位分散活動，誘敵深入並分散其兵力，各個擊破，取得了反“清剿”的勝利。
1939年冬，敵兵力達4個團7000多人。楊曬軒任命了解通南巴地形、人情的巴中人李子猶為“巴山督剿主任”，再次圍剿。敵人采取了“空山”毒計，強迫山中的群眾全部撤離，被驅趕離鄉背井的“山民”達62戶。大肆殺害與遊擊隊有聯系的群眾，切斷遊擊隊與群眾的聯系，斷絕遊擊隊的糧食與消息來源。接著“構碉儲糧”，步步為營，逐步縮小包圍。同時進行“政治說招”，動搖遊擊隊員軍心。遊擊隊由於有較豐富的物資儲備，利用熟悉的地形，與敵人周旋，不斷打擊敵人，夜襲哨兵、後勤班，摧毀敵人後勤補給，使敵人“空山”圍剿失敗。
但在嚴重的白色恐怖下，內部出現了叛徒，給遊擊隊造成極大的危害，情況十分危急，遊擊隊決定集中兵力，到外線作戰，向陜西方向突圍。
遊擊隊壹方面堅持艱苦的遊擊戰鬥，壹方面做好幹部戰士政治思想工作，堅定信念。營長趙明恩經常鼓勵大家說：只要有黨的領導，有廣大勞苦群眾的支持，有同誌們的團結戰鬥意誌，勝利壹定屬於我們。人民群眾冒死支持，送糧食，送情報，遊擊隊在極端艱苦的條件下，仍然與敵人作頑強的鬥爭。繼續向陜南突圍。突圍中，遊擊隊抓住敵人的松懈，僅以犧牲壹人的代價，勝利地襲擊了敵指揮部，打擊了敵人的囂張氣焰，鼓舞了遊擊隊的鬥誌。
1940年1月27日，由於副營長管業元的叛變，遊擊隊情勢更加危急。遊擊隊主力被敵分割沖散，總計僅有50人左右。1940年2月9日（正月初壹），遊擊隊向通江轉移，進入碑壩後河（今南鄭）。15日，遭到數倍於已的敵人的伏擊，僅存20人。3月，轉戰到碑壩山上，再遇敵強攻，大部分壯烈犧牲。趙明恩被叛徒楊之芳殺害。
堅持了5年之久的巴山遊擊隊雖然慘遭失敗，但它的光輝戰鬥業績永遠留在人民心中。烈士英魂，如巍巍大巴山，與日月同輝，與天地同在。