《國家稅務總局關於印發〈增值稅若幹具體問題的規定〉的通知》（國稅發[1993]154號）第二條第（二）項規定，納稅人采取折扣方式銷售貨物，如果銷售額和折扣額在同壹張發票上分別註明的，可按折扣後的銷售額征收增值稅；如果將折扣額另開發票，不論其在財務上如何處理，均不得從銷售額中減除折扣額。
《國家稅務總局關於折扣額抵減增值稅應稅銷售額問題通知》（國稅函[2010]56號）文件規定，《國家稅務總局關於印發〈增值稅若幹具體問題的規定〉的通知》（國稅發[1993]154號）第二條第（二）項規定：“納稅人采取折扣方式銷售貨物，如果銷售額和折扣額在同壹張發票上分別註明的，可按折扣後的銷售額征收增值稅”。納稅人采取折扣方式銷售貨物，銷售額和折扣額在同壹張發票上分別註明是指銷售額和折扣額在同壹張發票上的“金額”欄分別註明的，可按折扣後的銷售額征收增值稅。未在同壹張發票“金額”欄註明折扣額，而僅在發票的“備註”欄註明折扣額的，折扣額不得從銷售額中減除。
《國家稅務總局關於納稅人折扣折讓行為開具紅字增值稅專用發票問題的通知》（國稅函[2006]1279號）規定，納稅人銷售貨物並向購買方開具增值稅專用發票後，由於購貨方在壹定時期內累計購買貨物達到壹定數量、或者由於市場價格下降等原因，銷售方相應的價格優惠或補償等折扣，折讓行為，銷貨方可按現行《增值稅專用發票使用規定》的有關規定開具紅字增值稅專用發票。
《國家稅務總局關於修訂<增值稅專用發票使用規定>的通知》（國稅發[2006]156號）第十四條規定，壹般納稅人取得專用發票後，發生銷貨退回、開票有誤等情形但不符合作廢條件的，或者因銷貨部分退回及發生銷售折讓的，購買方應向主管稅務機關填報《開具紅字增值稅專用發票申請單》（以下簡稱《申請單》）。《申請單》所對應的藍字專用發票應經稅務機關認證。經認證結果為“認證相符”並且已經抵扣增值稅進項稅額的，壹般納稅人在填報《申請單》時不填寫相對應的藍字專用發票信息。經認證結果為“納稅人識別號認證不符”、“專用發票代碼、號碼認證不符”的，壹般納稅人在填報《申請單》時應填寫相對應的藍字專用發票信息。
第十五條規定，《申請單》壹式兩聯：第壹聯由購買方留存；第二聯由購買方主管稅務機關留存。《申請單》應加蓋壹般納稅人財務專用章。
第十六條規定，主管稅務機關對壹般納稅人填報的《申請單》進行審核後，出具《開具紅字增值稅專用發票通知單》（以下簡稱《通知單》）。《通知單》應與《申請單》壹壹對應。
第十七條規定，《通知單》壹式三聯：第壹聯由購買方主管稅務機關留存；第二聯由購買方送交銷售方留存；第三聯由購買方留存。《通知單》應加蓋主管稅務機關印章。《通知單》應按月依次裝訂成冊，並比照專用發票保管規定管理。
第十八條規定，購買方必須暫依《通知單》所列增值稅稅額從當期進項稅額中轉出，未抵扣增值稅進項稅額的可列入當期進項稅額，待取得銷售方開具的紅字專用發票後，與留存的《通知單》壹並作為記賬憑證。屬於本規定第十四條第四款所列情形的，不作進項稅額轉出。
第十九條規定，銷售方憑購買方提供的《通知單》開具紅字專用發票，在防偽稅控系統中以銷項負數開具。紅字專用發票應與《通知單》壹壹對應。
《國家稅務總局關於修訂增值稅專用發票使用規定的補充通知》（國稅發[2007]18號）第壹條第（五）款規定，增值稅壹般納稅人開具增值稅專用發票後，發生銷貨退回、銷售折讓以及開票有誤等情況需要開具紅字專用發票的，視不同情況分別按以下辦法處理。
因此，結合問題所述銷售過程，判斷企業按照12月當月銷售額250萬元及年度折扣額100萬元，開具了增值稅專用發票（銷售額和折扣額在同壹張發票“金額”欄分別註明）不符合上述文件規定。
按照國稅發[1993]154號第二條第（二）項規定，強調的是在銷售貨物的同時已經確定了折扣額，此項折扣額要對應相應的貨物，而企業是在全年銷售貨物結束後在壹張發票上統壹體現折扣額，因此折扣額明顯偏高，也超出了年初與客戶簽訂的銷售合同約定的折扣率。
對此稅務機關依據國稅函[2006]1279號、國稅發[2006]156號第十四條至第十九條、國稅發[2007]18號第壹條第5款等三項文件規定予以糾正是有道理、有文件依據的。
2、企業所得稅的處理：
稅務機關依據上述相關文件對企業12月份開出的這張銷售額250萬元、折扣額100萬元的增值稅專用發票不予認可，100萬元折扣額不能從當期銷售額中沖減，因此計算補繳增值稅為17萬元（折扣額100萬元，稅率17%）；在調增了100萬元銷售額的同時，應納稅所得額也就增加了100萬元。