小規模納稅人自行開具或通過稅務局開具的增值稅專用發票必須繳納增值稅。因為開具增值稅專用發票不享受未達到起征點的小微企業免征增值稅的優惠政策。
增值稅專用發票由中華人民共和國國家稅務總局監制印制，僅供增值稅壹般納稅人使用。它們不僅作為納稅人反映其經濟活動的重要會計憑證，而且作為賣方納稅義務和買方進項稅的法律憑證。它是增值稅計算和管理中重要的、決定性的、合法的專用發票。
推行增值稅專用發票是增值稅改革的關鍵壹步。它不同於普通發票，不僅具有商業憑證的功能，而且由於實行憑發票扣稅，買方還要向賣方繳納增值稅。它具有完稅憑證的功能。更重要的是，增值稅專用發票鏈接了壹個產品從最初生產到最終消費的所有環節，保持了稅收的完整性，體現了增值稅的作用。
中華人民共和國國家稅務總局關於增值稅發票管理的公告第五條需要開具增值稅專用發票的增值稅小規模納稅人(其他個人除外)，可自願使用增值稅發票管理系統自行開具增值稅發票。對選擇自行開具增值稅專用發票的小規模納稅人，稅務機關不再為其開具增值稅專用發票。增值稅小規模納稅人應計算銷售增值稅專用發票應繳納的增值稅金額，並在規定的納稅申報期內向主管稅務機關申報繳納。填寫增值稅納稅申報表時，本期開具的增值稅專用發票銷售額，按照3%和5%的征收率分別填寫在《增值稅納稅申報表(小規模納稅人適用)》第2欄和第5欄“本期數”對應欄目中。