壹、不是壹般納稅人取得的專票，在防偽稅控認證系統中應該無法進行認證的。
1、公司可以到稅局去確認壹下壹般納稅人資格認定批準的起始期。壹般納稅人資格起始期以後取得的專用發票才允許認證抵扣。小規模納稅人取得的專票不能進行抵扣。
2、公司可以將發票退回銷售方，商榷重新開具，銷貨方需要到稅局申請開具紅字發票通知單，然後進行紅字發票沖銷後重新開具。
3、未認證的增值稅發票，稽核系統會清分為“滯留票”，但不會影響企業正常申報。
二、小規模企業收到增值稅專用發票，是不能認證的，發票的進項稅是不能抵扣，跟其他發票壹樣入賬的；
例如：小規模企業收到壹張現金購買辦公用品的增值稅專用發票含稅價100元，會計分錄如下：
借：管理費用-辦公費100
貸：現金
小規模納稅人銷售貨物或者應稅勞務，實行簡單辦法計算應納稅額。
按照銷售額（不含稅）和規定的6%和4%計算應納稅額（現在為3%不區分工業商業），不得抵扣進項稅額、可以去稅局申請開具增值稅專用發票。
擴展資料：
收回原發票直接按作廢處理，重新開具發票。
這種方式對開票方來說，操作簡單，方便快捷。《國家稅務總局關於修訂增值稅專用發票使用規定的通知》（國稅發〔2006〕156號）第十三條規定：
壹般納稅人在開具專用發票當月，發生銷貨退回、開票有誤等情形，收到退回的發票聯、抵扣聯符合作廢條件的，按作廢處理；開具時發現有誤的，可即時作廢。
作廢專用發票須在防偽稅控系統中將相應的數據電文按“作廢”處理，在紙質專用發票（含未打印的專用發票）各聯次上註明“作廢”字樣，全聯次留存。
但是，稅務機關對專用發票的作廢條件規定相對嚴格，必須同時符合以下三個條件：收到退回的發票聯、抵扣聯時間未超過銷售方開票當月；銷售方未抄稅並且未記賬；購買方未認證或者認證結果為“納稅人識別號認證不符”、“專用發票代碼、號碼認證不符”。
百度百科-增值稅專用發票