二是企業長期零納稅申報可能被列為逃匿納稅的，將被列入重大失信黑名單並向社會公布，還將被評為D級納稅人。如果被評為D級納稅人，就要承擔D級納稅人的壹切後果。
三是企業長期零報稅，納稅人持有發票的，由稅務機關減免發票，並要求納稅人定期到稅務機關查驗發票。
四、如果企業長期零納稅申報，被稅務機關核實後，稅務局將利用企業的成本來核實納稅人的收入。
擴展數據:
根據規定，公司成立後無正當理由超過六個月未開業的，或者開業後停業超過六個月的，可以由公司登記機關吊銷營業執照。所以註冊公司不僅可以長期不報稅，也可以長期不經營。
稅務局要求的零申報是企業納稅申報的當期數據和以前數據都為0，這種情況壹般只存在於未開始經營的企業或者即將註銷正在清算的企業。壹般來說，長期零申報6個月以上的會被歸為“異常戶”。
被吊銷營業執照的企業及其負有嚴重違法違規責任的法定代表人的不良信息將被鎖定為警示信息庫，實行分類監管和“黑名單”制度，擴大失信公示範圍，不僅相關人員在其他企業的職務將被納入監控範圍。
也方便投資者、交易夥伴、消費者進行市場調研，保證交易安全。這些不良信用記錄不會因為企業的消亡或者責任人的辭職而終結，在相對較長的時間內不會以責任人的個人名義消除，使其承擔社會失信的後果。
參考資料:
百度百科-零申報