（1）稅收征管缺乏必要憑據，稅收流失風險加大。
電子商務運用系統化的電子技術，將原有的紙張流動、貨幣流動甚至包括人員流動幾乎全部改成“電子”流動。傳統商務活動所必需的紙質合同、票據、貨款支付以及經營、資金賬戶都變成了在網上稍縱即逝的電子信息流，相關銷售方面的依據和憑據均以電子信息的形式傳遞。電子商務的這種無紙化操作客觀上使稅收征收管理失去了最直接的依據。網上交易資料的隱匿性、保密性，使稅務機關對經營者的交易情況無法追蹤、掌握、審計和監控，造成稅收征收管理在電子商務領域的“盲區”。由於在互聯網上企業可以直接進行交易，而不必通過中介機構，又使傳統的代扣代繳稅款無法進行。
同時，電子商務活動建立在壹個虛擬的市場上，網上的經營沒有有形的“場所”、“基地”或人員的“出場”，使得在傳統經濟模式下的常設機構、經營活動所在地等概念變得模糊不清。另外，傳統稅收制度規定無論是從事生產、銷售還是提供勞務、服務的單位與個人都必須辦理稅務登記。稅務登記是稅務機關對納稅人實施管理、了解掌握稅源情況的基本手段，是法律關系成立的依據和證明。但電子商務自產生以來就不太重視這個問題。任何企業交納壹定的註冊費，就可以獲得自己的專用域名，在網上自主的從事商業活動和信息交流。這壹切使本應征收的稅款不易征收，導致稅款白白流失。
（2）電子商務使得稅收管轄權的範圍難以確定。
目前世界上大多數國家都並行地域管轄權與居民管轄權，由此引發的國際重復課稅總是通常是以雙邊稅收協定的方式來解決。然而在互聯網交易中稅收管轄權的確定就受到了挑戰。比如常設機構就難以確定，“常設機構”是指壹個企業進行全部或部分營業活動的固定場所。只有在某個國家設有常設機構，並取得屬於該常設機構的所得，才能夠被認定為從該國取得所得，由該國行使地域管轄權。在網絡世界裏壹個可以進行買賣的網絡地址或服務器算不算“常設機構”？假設涉及的管理和銷售系統被分別安置在不同的國家，那麽法人的常設機構所在地應如何確定？法人的居民身份如何判斷？這都影響著稅收管轄權的確立，這壹問題也容易引發各國的爭議，造成新的國際稅收糾紛。
（3）稅務稽查難度加大。
各國稅法普遍規定納稅人必須如實記賬並保存賬簿、記賬憑證以及其他與納稅有關的資料若幹年，以便稅務機關檢查，這便從法律上奠定了以賬證追蹤審計作為稅收征管的基礎。而電子商務的隱匿性與保密性導致傳統的憑證追蹤審計失去基礎，電子商務以電子數據信息資料的形式出現並傳遞，電子數據信息資料具有隨時被修改或刪除的危險，同時由於現有技術還無法做到對數字化印章和簽名的唯壹性、保密性進行準確無誤的認定，再加上隨著計算機加密技術的發展，納稅人可以利用加密技術來掩蓋有關信息，使稅務機關無法獲得真實和充分的管理信息，使稅收的源泉扣繳的控管手段失靈，客觀上促使了納稅人遵從稅法的隨意性，導致稅款流失。加大了稅收稽查的難度。
（4）國際避稅問題加劇。
互聯網給企業和消費者提供了世界範圍的直接交易機會，導致中介作用削弱，從而使中介代扣代繳稅款的作用也隨之削弱。跨國集團為了降低成本，逃避稅收，更多地應用電子數據交換技術，使得企業集團內部高度壹體化，企業通過互聯網將產品的開發、設計、生產、銷售“合理地”分布於世界各地將很容易，在避稅地建立基地公司也將輕而易舉，通過網絡可以輕松地將其在高稅區的利潤轉移到低稅區或避稅區。