屬於小規模納稅人的醫療服務機構只能開具增值稅普通發票；屬於壹般納稅人的，既可以開具增值稅普通發票，也可以開具增值稅專用發票。增值稅專用發票是由國家稅務總局監制設計印制的，只限於增值稅壹般納稅人領購使用的，既作為納稅人反映經濟活動中的重要會計憑證又是兼記銷貨方納稅義務和購貨方進項稅額的合法證明；是增值稅計算和管理中重要的決定性的合法的專用發票。
實行增值稅專用發票是增值稅改革中很關鍵的壹步，與普通發票不同，不僅具有商事憑證的作用，由於實行憑發票註明稅款扣稅，購貨方要向銷貨方支付增值稅。具有完稅憑證的作用。更重要的是，增值稅專用發票將壹個產品的最初生產到最終的消費之間各環節聯系起來，保持了稅賦的完整，體現了增值稅的作用。
《中華人民***和國增值稅暫行條例》第二十壹條 納稅人發生應稅銷售行為，應當向索取增值稅專用發票的購買方開具增值稅專用發票，並在增值稅專用發票上分別註明銷售額和銷項稅額。
屬於下列情形之壹的，不得開具增值稅專用發票：
（壹）應稅銷售行為的購買方為消費者個人的；
（二）發生應稅銷售行為適用免稅規定的。
第二十二條 增值稅納稅地點：
（壹）固定業戶應當向其機構所在地的主管稅務機關申報納稅。總機構和分支機構不在同壹縣（市）的，應當分別向各自所在地的主管稅務機關申報納稅；經國務院財政、稅務主管部門或者其授權的財政、稅務機關批準，可以由總機構匯總向總機構所在地的主管稅務機關申報納稅。
（二）固定業戶到外縣（市）銷售貨物或者勞務，應當向其機構所在地的主管稅務機關報告外出經營事項，並向其機構所在地的主管稅務機關申報納稅；未報告的，應當向銷售地或者勞務發生地的主管稅務機關申報納稅；未向銷售地或者勞務發生地的主管稅務機關申報納稅的，由其機構所在地的主管稅務機關補征稅款。
（三）非固定業戶銷售貨物或者勞務，應當向銷售地或者勞務發生地的主管稅務機關申報納稅；未向銷售地或者勞務發生地的主管稅務機關申報納稅的，由其機構所在地或者居住地的主管稅務機關補征稅款。
（四）進口貨物，應當向報關地海關申報納稅。
扣繳義務人應當向其機構所在地或者居住地的主管稅務機關申報繳納其扣繳的稅款。