已報稅發票證明單壹般不在開票系統裏開具，壹般是到稅務局納稅大廳或者網上辦稅大廳辦理。
壹、根據《增值稅專用發票使用規定》（國稅發[2006]156號）第二十八條規定，壹般納稅人丟失已開具專用發票的發票聯和抵扣聯，如果丟失前已認證相符的，購買方憑銷售方提供的相應專用發票記賬聯復印件及銷售方所在地主管稅務機關出具的《丟失增值稅專用發票已報稅證明單》，
經購買方主管稅務機關審核同意後，可作為增值稅進項稅額的抵扣憑證；如果丟失前未認證的，購買方憑銷售方提供的相應專用發票記賬聯復印件到主管稅務機關進行認證，
認證相符的憑該專用發票記賬聯復印件及銷售方所在地主管稅務機關出具的《丟失增值稅專用發票已報稅證明單》，經購買方主管稅務機關審核同意後，可作為增值稅進項稅額的抵扣憑證。
二、根據《辦理納稅人涉稅事項操作指南》（國稅函[2007]1077號文附件）精神，丟失防偽稅控系統開具增值稅專用發票，申請開具已抄報稅證明單，納稅人應提供以下資料：
（壹）《丟失增值稅專用發票已報稅證明單》（壹式三份）
（二）相應專用發票記賬聯復印件
納稅人提供資料完整，填寫內容準確，各項手續齊全，符合條件的，稅務機關可當場辦結。
需要註意的是：按照《發票管理辦法》及其實施細則的規定，丟失發票屬於未按規定保管發票的行為，應於丟失當日書面報告主管稅務機關，並在報刊和電視等傳播媒介上公告聲明作廢。
對丟失發票行為，由稅務機關責令限期改正，沒收非法所得，可以並處1萬元以下的罰款。辦理申請開具已抄報稅證明單的納稅人，應先按《發票管理辦法》及其實施細則的規定，處理完畢相關行政處罰責任後，再向主管稅務機關提出申請。
擴展資料：
普通發票開具的管理。
發票的開具是實現其使用價值、反映經濟業務活動的重要環節，發票開具是否真實、完整、正確，直接關系到能否達到發票管理的預期目的。
1、銷貨方按規定開具發票。
銷售商、提供服務以及從事其他經營活動的單位和個人，對外發生經營業務收取款項，收款方應當向付款方開具發票；收購單位和扣繳義務人支付款項時，由付款方向收款方開具發票。在發票開具時，要註意以下幾點：
(1)銷貨方在整本發票使用前，要認真檢查有無缺頁、錯號、發票聯無發票監制章或印制不清楚等現象，如發現問題應報送稅務機關處理。
(2)整本發票開始使用後，應做到按號碼順序填寫，填寫項目齊全，內容真實，字跡清楚，全部聯次壹次復寫、打印、內容完全壹致。填開的發票不得塗改、挖補、撕毀。
(3)開具發票要按照規定的時限、逐欄填寫，並加蓋單位財務印章或者發票專用章。未經稅務機關批準，不得拆本使用發票，不得自行擴大專業發票使用範圍。
(4)填開發票的單位和個人必須在發生經營業務，確認營業收入時開具發票，未發生業務壹律不準開具發票。
(5)銷貨方應在規定的使用範圍內開具發票，不準買賣、轉借、轉讓和代理開具。
(6)銷貨方使用電子計算機開具發票，須經主管稅務機關批準，並使用稅務機關統壹監制的機外發票，開具後的存根聯要按照順序號裝訂成冊。
2、購買方按規定索取發票。
所有單位和從事生產、經營活動的個人在購買商品、接受服務以及從事其他經營活動支付款項，應當向收款方取得發票。在索取發票中，要註意以下幾點：
(1)購買方向對方索取發票時，不得要求對方變更貨物或應稅勞務名稱，不得要求改變價稅金額；
(2)購買方只能從發生業務的銷售方取得發票，不得虛開或代理開具發票；
(3)購買方取得發票後，如發現不符合開具要求的，有權要求對方重新開具。
3、納稅人進行電子商務必須開具或取得發票。
4、發票要全聯壹次填寫。每份票無任有幾聯，都必須把全部聯次放在壹起，壹次性復寫或打印，以保證各聯填開的內容、金額等都保持壹致。嚴禁開具“大頭小尾”發票。
5、發票不得跨省、直轄市、自治區使用。發票限於領購單位和個人在本省、自治區、直轄市內開具。發票領購單位未經批準不得跨規定使用區域攜帶、郵寄、運輸空白發票，禁止攜帶、郵寄或者運輸空白發票出入境。
6、開具發票要加蓋財務印章或發票專用章。
7、開具發票後，如發生銷貨退回需開紅字發票的，必須收回原發票並註明“作廢”字樣或取得對方有效憑證；發生銷售折讓的，在收回原發票並註明“作廢”後，重新開具發票。
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