已經繳款，但是還沒有劃到國庫，如果已經快到申報期，還沒有入庫，不能作廢申報。出現已繳款未入庫的提示就是表示就是已經繳款，但是還沒有劃到國庫的意思，我們無需擔心。
壹、稅款繳納方式分為納稅人自行申報繳納稅款、代扣代收代繳人代收或扣繳稅款後再向稅務部門解繳代收或扣繳的稅款和稅務部門向國庫上解稅款這些，在稅務部門，解繳稅款特指第二種：代扣代收代繳人代收或扣繳稅款後再向稅務部門解繳代收或扣繳的稅款。根據《稅收征管法》第四條、第三十壹條規定：納稅人、扣繳義務人必須按照法律、行政法規規定或者稅務機關依照法律、行政法規的規定確定的期限，繳納或者解繳稅款。而已繳款未入庫表明納稅人已經扣款成功但是沒有入國庫，所以，這不算是違期繳款，既然不是違期繳款，當然，不會產生稅務滯納金。
二、如何申請退稅 1.確認所屬期，即確認申報的是什麽期間的出口業務;2.導入及處理認證發票信息;3.錄入出口明細申報數據;4.錄入進貨明細申報數據;5.審核三項信息的關聯檢查，分別是進貨出口數量、換匯成本和申報數據壹致性;6.確認明細申報數據;7.錄入退稅匯總表及生成退稅申報數據;8.打開國稅電子稅務局納稅人端，點開退稅預申報進行預申，通過後即可打印申報文件，前往稅務大廳進行申報。
三、誤收多繳退抵稅:指因稅務機關誤收，或納稅人誤繳而產生的應退還給納稅人的稅款. 入庫減免退抵稅:指納稅人經批準符合政策規範可以享受減免的稅款，由於此前已經繳納入庫，納稅人可以申請退抵已繳納的稅款. 匯算清繳結算多繳退抵稅:指按照分期預繳、按期匯算結算的征管方式，對納稅人應清算形成的多繳稅款辦理退抵稅費. 辦理退稅有兩個路徑.可通過網上申請，或到櫃臺辦理。