企業註銷清算時，對於增值稅的留抵稅額（進項稅額），我認為應當視存貨情況分別做如下處理：
壹、註銷清算階段，存貨或已經抵扣了增值稅進項稅額的固定資產以及其他資產，按照《財政部、國家稅務總局關於企業清算業務企業所得稅處理若幹問題的通知》（財稅[2009]60號）的規定，不論資產是否實際處置，均應按可變現價值或交易價格，確認資產轉讓所得或損失，可變現價值不同於實際交易價格，是在非持續經營的條件下，確認的是壹種隱性的資產變現損益。
根據以上的理解，筆者認為，實際交易價格計提增值稅銷項稅額，可變現價值也應當在這壹非持續經營條件下計提增值稅銷項稅額，只有這樣才能保證增值稅鏈條抵扣的完整性。《增值稅暫行條例實施細則》第四條規定，單位或者個體工商戶將自產、委托加工或者購進的貨物分配給股東或者投資者，視同銷售貨物。清算階段視同銷售貨物只能按照可變現價值計量，也只有這樣也才可以確認清算階段應當繳納的增值稅。
例如：某企業清算階段，存貨計稅基礎500萬元，存貨可變現價值600萬元（含稅），則增值稅情況有兩種情形：
1、增值稅留抵稅額50萬元，則應交稅費（增值稅）=600÷（1＋17%）×17%-50= 37.18（萬元），該應交稅費作為“負債清償損益”處理。填入《中華人民***和國企業清算所得稅申報表填報說明》（國稅函[2009]388號）附表二《負債清償損益明細表》第9行“應交稅費”中，“計稅基礎”等於“清償金額”，“負債清償損益”為0.
2、增值稅留抵稅額100萬元，則應交稅費——增值稅＝600÷（1＋17%）×17%- 100=-12.82（萬元），該應交稅費同樣作為“負債清償損益”處理。只不過“清償金額”為0，“負債清償損益”為-12.82萬元。
根據《財政部、國家稅務總局關於增值稅若幹政策的通知》（財稅[2005]165號）規定：“壹般納稅人註銷時，其存貨不作進項稅額轉出處理，其留抵稅額也不予以退稅。”
企業進入破產清算階段不壹定立即註銷壹般納稅人資格，留抵稅額通過“負債清償損益”處理，實質上將不能抵扣的進項稅額視同了企業的壹項成本費用，會計上不需要特別處理。另外，以可變現價值確認增值稅銷項稅額與財稅[2005]165號上述規定並不違背。
二、註銷清算階段，存貨或已經抵扣了增值稅進項稅額的固定資產已經提前處置完畢，存貨資產賬面價值為0，但存在留抵稅額，此稅額筆者認為直接計入“負債清償損益”處理。只不過清償金額為0，負債清償損益為負數。
三、賬外經營產生留抵稅額的情況較為復雜，壹般為進貨入賬抵扣了進項稅額，銷售時不入賬進行地下交易，最後企業的可變現資產價值小於企業的賬面價值或計稅基礎，“資產清償損益”為負數。對於這種情況，《中華人民***和國稅收征收管理法》第六十三條規定“納稅人偽造、變造、隱匿、擅自銷毀賬簿、記賬憑證，或者在賬簿上多列支出或者不列、少列收入，或者經稅務機關通知申報而拒不申報或者進行虛假的納稅申報，不繳或者少繳應納稅款的，是偷稅。對納稅人偷稅的，由稅務機關追繳其不繳或者少繳的稅款、滯納金，並處不繳或者少繳的稅款百分之五十以上五倍以下的罰款；構成犯罪的，依法追究刑事責任”。
既然可以定性為偷稅行為，則註銷清算前首先應當確認經營期間未入賬的收入和增值稅銷項稅額，因為這兩項直接影響了企業清算階段的留存收益和應交稅費的賬面價值和計稅基礎。
例如：某企業清算階段，賬面應交稅費（增值稅）借方余額20萬元，存貨賬面余額為120萬元，實際庫存存貨0元，經逐期盤查存貨變動明細認定存在賬外銷售收入130萬元。
即註銷清算階段期初報表數據調整為：
應交稅費（增值稅）賬面價值、計稅基礎=130×17%－20=2.10（萬元）
未分配利潤調整增加額=130-120=10（萬元）
存貨賬面價值、計稅基礎＝120-120=0（元）
其他應收款增加額=130×（1＋17%）= 152（萬元）
如果無法盤查賬外銷售收入和銷項稅額，也可以直接按照組成計稅價格計算：
銷售收入=120×（1＋10%）=132（萬元）
銷項稅額=132×17%=22.44（萬元）
四、企業清算時存貨和已抵扣進項稅金的固定資產發生非正常損失
企業清算時應先進行資產評估、清查，對存貨和已抵扣進項稅金的固定資產發生非正常損失的，應根據《中華人民***和國增值稅暫行條例》第十條的規定，應作進項稅額轉出處理，調減增值稅留抵稅額。另外根據《財政部、國家稅務總局關於企業資產損失稅前扣除政策的通知》（財稅[2009]57號）規定，企業因存貨盤虧、毀損、報廢、被盜等原因不得從增值稅銷項稅額中抵扣的進項稅額，可以與存貨損失壹起在計算應納稅所得額時扣除，即清算時轉出的進項稅額可以增加存貨的計稅基礎。
中國稅網特約研究員 王占偉
針對上述這個業務，企業破產清算時“正常”的留抵稅額可計入清算損益。
法律依據：
《中華人民***和國企業破產法》
第四十壹條 人民法院受理破產申請後發生的下列費用，為破產費用：
（壹）破產案件的訴訟費用；
（二）管理、變價和分配債務人財產的費用；
（三）管理人執行職務的費用、報酬和聘用工作人員的費用。
第四十二條 人民法院受理破產申請後發生的下列債務，為***益債務：
（壹）因管理人或者債務人請求對方當事人履行雙方均未履行完畢的合同所產生的債務；
（二）債務人財產受無因管理所產生的債務；
（三）因債務人不當得利所產生的債務；
（四）為債務人繼續營業而應支付的勞動報酬和社會保險費用以及由此產生的其他債務；
（五）管理人或者相關人員執行職務致人損害所產生的債務；
（六）債務人財產致人損害所產生的債務。
第四十三條 破產費用和***益債務由債務人財產隨時清償。
債務人財產不足以清償所有破產費用和***益債務的，先行清償破產費用。
債務人財產不足以清償所有破產費用或者***益債務的，按照比例清償。
債務人財產不足以清償破產費用的，管理人應當提請人民法院終結破產程序。人民法院應當自收到請求之日起十五日內裁定終結破產程序，並予以公告。