自然災害造成的損失可以抵扣進項稅。自然災害造成的損失不屬於稅法規定的非正常損失範圍，屬於正常損失，取得的進項稅額可以抵扣。根據規定，購進貨物及相關應稅服務的非正常損失，不得從銷項稅額中扣除。非正常損失是指因管理不善造成的被盜、丟失、黴變、變質等損失。企業購進的原材料是稅法規定的外購貨物，自然災害損失不屬於稅法規定的非正常損失範圍，屬於正常損失，取得的進項稅額可以抵扣。
新規刪除了自然災害損失屬於非正常損失的規定和“其他非正常損失”的底部條款，明確指出非正常損失僅包括因管理不善造成的貨物被盜、丟失黴變、變質等損失。
1.自然災害損失往往是地震、臺風、海嘯等不可抗力造成的貨物損壞造成的物質損失。因為損失金額往往巨大，如果不扣除，納稅人的負擔會更重。同時，由於自然災害是由不可抗力造成的，納稅人已經盡到了對貨物的保護義務(法律保全)，不應負擔納稅義務。
2.其他非正常損失的範圍在原細則中沒有明確。在實際執行中，稅務機關和納稅人之間經常發生糾紛。如果將正常損失誤判為非正常損失，會帶來不必要的行政成本，降低征管質量。為了減少爭議，充分考慮保護納稅人的利益，新規中刪除了這壹規定。
綜上，自然災害造成的損失可以抵扣進項稅。在企業日常生產經營活動中，由於各種原因，不可避免地會發生購進貨物和相關應稅勞務的損失。在實踐中，納稅人應該如何正確處理這種損失？《增值稅暫行條例》第十條規定了“購進貨物及有關應稅勞務”和“在產品、產成品中耗用的購進貨物或者應稅勞務”兩個方面。
法律依據:
《中華人民共和國增值稅暫行條例》第十條
下列項目的進項稅額不得從銷項稅額中扣除:
(壹)為簡易計稅、免征增值稅、集體福利或者個人消費而購買的貨物、勞務、服務、無形資產和不動產；
(二)外購商品以及相關勞務和運輸服務的非正常損失；
(3)非正常損失的在產品和產成品耗用的購進貨物(不含固定資產)、勞務和運輸勞務；
(四)國務院規定的其他項目。