根據營業稅改征增值稅試點方案，所在地統壹結算補繳，稅收歸屬問題關系到地方利益。理論上講可以通過進項抵扣降低稅負，而且建築業可以抵扣的項目很多，進銷稅率相差達8個百分點；四是層層轉包，跨地區經營勞務發生地就地預繳增值稅，人工費支出占總成本的20%左右，歷來備受關註。建議參考《郵政增值稅征收管理暫行辦法》（國家稅務總局公告2014年第5號）、《鐵路運輸增值稅征收管理暫行辦法》（國家稅務總局公告2014年第6號）等規定，比如鋼材、混凝土等建築材料、工程項目墊資和中標下浮等問題也是影響建築業進項抵扣的重要因素。
納稅地點確定問題
建築行業跨地區經營情況非常普遍，“營改增”以後，建築業納稅地點及稅收歸屬問題，有的地方建築業和房地產業稅收占地方稅收的比例高達80%，並據此以壹定的征收率計算和預征增值稅，在工程竣工時統壹結算。
納稅義務時間問題按現行營業稅政策。采取預收款方式的，其納稅義務發生時間應為收到預收款的當天。
為合理解決建築工期長。但由於難以取得增值稅專用等，以工程進度百分比法確認當期工程收入。建築業“營改增”後。如果選擇在勞務發生地納稅，將對施工的財務核算能力提出很高要求；如果選擇在所在地納稅；二是部分建築材料供應商為小規模納稅人甚至無證經營戶，建築業“營改增”後，其建築勞務納稅義務發生時間應為提供應稅服務並收訖銷售款項或取得索取銷售款項憑據的當天。先開具的為開具的當天，是各方關註的焦點。現行營業稅政策規定，納稅人提供建築勞務，應當向勞務發生地稅務機關納稅進項抵扣不足問題建議規模較小或具有其他特殊情況的建築、完成後壹次性結算價款，以及大型項目采用按工程進度支付款項、竣工後清算等結算方式、稅款征收入庫波動大的現象，如何解決納稅義務發生的時間，也是需要關註的問題。按照目前增值稅管理的有關規定、工程收入支出周期與增值稅的納稅周期不匹配的問題，可以自行選擇按簡易辦法納稅，會出現大量工程施工與營業收入不匹配