1240年，元太宗窩闊臺的皇子闊端派遣大將多達，率軍深入西藏，企圖了解西藏的政治形勢和眾多教派的詳細情況。1244年，60余歲的薩迦派高僧班智達 貢噶堅贊受闊端的邀請，起程前往涼州。1247年，班智達與闊端會晤，並以西域學者為譯師，向闊端宣講佛法，闊端逐漸敬信並決定免除天下僧尼的賦稅和兵役。闊端並為班智達建造 “幻化寺”，供奉了大量的財寶，由此開始了西藏喇嘛與蒙古之間的“施舍關系”。1251年，班智達過世，不久後闊端亦逝.
1253年，班智達的侄子八思巴與忽必烈會晤。八思巴不僅向其講述佛法，而且還解答了忽必烈所提出的許多疑難問題，使忽必烈對佛法產生虔誠的信仰.1260年，忽必烈即蒙古汗的王
隨後並封八思巴為國師。1264年，忽必烈又設“總制院”，命八思巴以國師身份兼領該院院事。在總制院(後改為“宣政院”)下，設有“宣慰使司都元帥府”，負責處理和管轄西藏大部分地區的軍政事務。宣慰使司下面則轄有管理民政的萬戶府、千戶所。1265年，忽必烈封八思巴為大寶法王、帝師，並通過八思巴的舉薦，任命了總管西藏事務的行政長官和13個萬戶府 蒙古帝國和薩迦政權的關系是互惠的。壹方面，由於蒙古方面的大力支持，薩迦派成了當時整個西藏的統治者。另壹方面，蒙古卻也在文化和其他層面受到西藏很大的影響。比如說，八思巴就曾經根據忽必烈的要求，按照藏文字母的拼音方式創造了蒙古文字，史稱 “八思巴文 ”.