本條例所稱水資源包括地表水和地下水。第三條水資源的保護、利用和管理應當遵循政府主導、保護優先、科學規劃、合理開發、節約用水的原則，協調生活、生產、經營和生態環境用水。第四條自治州、縣(市)人民政府應當將水資源的保護和管理納入國民經濟和社會發展規劃，所需經費列入本級財政預算。第五條自治州、縣(市)水行政主管部門負責本行政區域內水資源的統壹保護、管理和開發利用。
自治州、縣(市)監察、發展改革、環境保護、國土資源、林業、住房和城鄉建設、農業、衛生和計劃生育、工商、稅務等有關部門應當按照各自職責，做好水資源的保護、管理和開發利用工作。
鄉(鎮)人民政府應當做好本行政區域內水資源的保護、管理和開發利用工作，村民委員會(社區)和村民小組應當協助做好水資源的保護、管理和開發利用工作。第六條自治州、縣(市)人民政府水行政主管部門的水資源保護管理機構履行下列職責:
(壹)宣傳、貫徹有關水資源保護和管理的法律、法規和本條例；
(二)預防、調查和調解水事糾紛；
(三)配合環境保護行政主管部門對水汙染防治進行監督管理；
(四)行使同級水行政主管部門賦予的其他職權。第七條自治州各級人民政府應當加強水資源保護和管理的宣傳教育，增強全社會保護水資源、節水防洪的意識，推廣節水技術，推進節水型社會建設。第八條任何單位和個人都有保護水資源和節約用水的義務，並有權制止和舉報破壞水資源和水工程的行為。第二章水資源保護第九條自治州各級人民政府應當加強水資源保護，防治水汙染和水土流失，改善生態環境。第十條自治州、縣(市)水行政主管部門應當組織編制本行政區域內的水資源規劃，經同級人民政府批準後公布實施。規劃確需修改的，應當按照原審批程序報批。第十壹條重大建設項目的規劃布局，應當與水資源規劃相銜接，與當地水資源條件相適應，並進行科學論證。自治州、縣(市)人民政府應當在水資源緊缺地區，限制城市建設規模和用水量大的工業和服務業項目。第十二條自治州水行政主管部門應當會同同級環境保護部門，根據水資源規劃和經濟社會發展的需要，制定江河、湖泊、水庫和地下水的水功能區劃，報自治州人民政府批準後實施。第十三條在江河、湖泊、溪流、水庫上建設水工程，應當進行科學論證，並由水行政主管部門按照管理權限審查水工程建設方案。
在江河、湖泊、溪流、水庫岸線範圍內的建設項目，有關部門在辦理審批手續時，應當征求水行政主管部門的意見。第十四條自治州、縣(市)水行政主管部門和環境保護、衛生、計劃生育等行政主管部門應當按照各自職責對水功能區的水質進行監測，水質不符合要求時，應當及時向同級人民政府報告，並采取措施進行治理。第十五條自治州、縣(市)人民政府應當科學劃定水源涵養林範圍，並納入當地林業發展規劃和公益林保護管理，建立公益林補償機制。州、縣(市)兩級公益林補償辦法由自治州人民政府另行制定。
自治州、縣(市)林業行政主管部門應當優化林種，加強水源涵養林和水土保持林的營造和管理。第十六條禁止在水源涵養林範圍內開發商品林；禁止砍伐和毀壞樹木；禁止采集松節油和松花粉；野生樹木不得擅自移植。第十七條縣(市)人民政府應當劃定飲用水水源保護區，設立保護界標和警示標誌，並向社會公告。第十八條自治州對飲用水水源保護區實行分級保護。
自治州人民政府所在地的城市取水點由大理市人民政府負責保護；縣(市)人民政府所在地的鄉、鎮的取水點保護由當地鄉(鎮)人民政府負責；自然村取水點的保護由當地村民自治組織或者農村集體經濟組織負責。飲用水水源保護區取水點的保護和利用方案，由保護責任單位制定，報上壹級人民政府批準後實施。
跨行政區域的取水點的保護，由取水戶和取水點所在地雙方共同負責，提出保護利用方案，報上壹級人民政府批準後實施。