但是，在稅務檢查實踐中，我們發現壹些企業使用運輸發票抵扣增值稅存在很多問題。從稅務檢查的角度，我們認為作為接受運輸服務的企業，在接受運輸服務取得車隊發票抵扣增值稅時，還應註意以下六個方面:
第壹，註意開票單位是否合法。
稅法明確規定，開票單位必須是經稅務機關批準並有資格自行開具運輸發票的企業，或者是主管地方稅務局和省級地方稅務局授權的中介機構代開票單位開具發票。所有未經地方稅務局認可的納稅人開具的發票，不得作為記賬憑證和增值稅抵扣憑證。因此，作為壹般納稅人企業，在接受運輸服務時，應當關註提供服務的當事人的法律地位，核實接受的運輸票據是否符合增值稅抵扣規定，防止人為增加經營成本。
二是註意核實具有合法身份的單位和個人提供的運輸票據是否在法定期限內。
在檢查過程中，我們經常發現，在舊的運輸發票中，國稅發[2003]120號文件規定，納稅人必須在2003年6月65438+10月31日前，將已領購的貨物運輸業發票交回主管地方稅務局，再交回稅務機關繼續使用。未完稅的貨運發票不得開具和使用，也不得作為記賬憑證和增值稅抵扣憑證。《關於使用道路內河貨物運輸統壹發票有關問題的通知》(國發〔2004〕557號)規定，貨運發票必須使用稅控收款機系列開具，手寫無效。《國家稅務總局關於印發新版全國聯運行業貨物運輸統壹發票的通知》(國〔2004〕1033號)規定，使用新版全國聯運行業貨物運輸統壹發票。因此，納稅人應註意檢查其及時性。
三、自開票納稅人和開票單位必須按規定逐欄如實填寫貨物運輸業發票。
開具給增值稅壹般納稅人的發票，必須填寫增值稅壹般納稅人的名稱和納稅人識別號。自開票的，在貨運發票中央加蓋出票人專用章和財務專用章，並加蓋出票人識別號、主管地方稅務局名稱和代碼等內容。此外，《中華人民共和國國家稅務總局關於加強貨物運輸業稅收征收管理的通知》(國稅發電〔2003〕055號)規定，地方稅務局開具貨運發票的，應當加蓋地方稅務局發票專用章，專用章應當有地方稅務局名稱和代碼。否則不抵扣增值稅。
四是申報抵扣增值稅的程序是否符合規定。
對於所有需要計算增值稅進項稅額抵扣的運輸發票，應根據相關運輸發票逐壹填寫《增值稅運輸發票抵扣清單》，增值稅壹般納稅人必須填寫“取得運輸發票單位名稱及標識號”壹欄，否則，取得的貨運發票不能作為增值稅進項稅額抵扣憑證。增值稅納稅申報時，除按現行規定報送申報材料外，還必須報送增值稅運輸發票抵扣清單。納稅人除提交清單紙質材料外，還需提交增值稅運輸發票抵扣清單電子信息。未單獨提交增值稅運輸發票抵扣清單紙質資料和電子信息的，不得抵扣運輸發票進項稅額。同時規定，納稅人未按要求填寫增值稅運輸發票抵扣清單或者內容不全的，運輸發票不得計算進項稅額抵扣。因此，納稅人在進入增值稅運輸發票抵扣清單信息采集軟件時，壹定要特別註意小心。如果有的地方輸入錯誤，稅務機關出具的電子信息不符，那麽不得抵扣運輸發票的進項稅額。增值稅壹般納稅人取得的聯運發票應在“增值稅貨運發票抵扣清單”的“聯運”欄中逐項填寫。增值稅壹般納稅人取得的境內、境外貨物運輸發票，可暫填《增值稅運輸發票抵扣清單》的內陸運輸欄。
五是根據《中華人民共和國國家稅務總局關於貨物運輸業若幹稅收問題的通知》(國稅發〔2004〕88號)，允許增值稅壹般納稅人在取得稅務機關認定為自開票納稅人的運輸單位和物流單位開具的貨物運輸發票時，計算進項稅額抵扣。
允許扣除的運費金額，是指自開票納稅人和開票單位為開票納稅人開具的貨運發票上註明的運費、建設基金和現行規定允許扣除的其他貨運費用；不得扣除裝卸費、保險費和其他雜費。貨運發票應當分別標明運雜費，未單獨標明但與運雜費合並的不得抵扣。
第六，申報抵扣增值稅的時間是否符合規定。
納稅人從貨物運輸業取得的發票，可以在發票開具後90日的首次納稅申報期結束前申報抵扣，超過90日的不得抵扣。另外，所有內容必須按照增值稅貨運發票抵扣清單的要求填寫，內容不全的不得抵扣進項稅。