以自有貨車從事貨物運輸業務的生產企業，在納稅籌劃中，最容易發生的是混淆兼營和混合銷售的界限，僅從稅負的高低考慮，將銷售本企業產品時發生的運輸收入從貨物銷售收入中分割出去，按兼營方式分別核算銷售額，將運輸收入作為營業稅應稅勞務申報繳納營業稅。這樣做不僅達不到降低稅負的目的，反而會形成納稅風險。因為以自有車輛運輸本企業銷售貨物的行為屬於混合銷售業務，而非兼營業務，其運輸環節的收入不論是否單獨核算，都應並入貨物銷售額中繳納增值稅。
此外，雖然企業有兼營運輸業務的項目，但與貨物購買方僅簽訂壹份包括運輸收入的產品銷售合同，卻在進行會計賬務處理時，人為地將貨物銷售額扣除壹部分，作為運輸收入單獨核算繳納營業稅，這樣做也會形成納稅風險。稅務機關往往會將其視為混合銷售要求繳納增值稅。
二、多角度考慮運輸業務的稅收籌劃
首先，從整體收益角度考慮是否需要成立獨立運輸公司。
生產企業自有車輛，為避免混合銷售業務繳納增值稅，可以根據運輸車輛的多少及運輸業務的大小，從整體收益角度進行論證，看是否可以通過設立運輸公司節稅。
如果生產企業將自有車輛單獨成立運輸公司，生產公司銷售貨物指定該運輸公司負責運輸，生產公司分別與運輸公司簽訂貨物運輸合同，與購貨單位簽訂購銷合同。這樣，運輸公司只需繳納3%的營業稅，而生產公司則可抵扣運費7%的增值稅，企業節稅為7%-3%=4%。
若不設立運輸公司，車輛的物耗則作增值稅扣除。假設車輛可抵扣物耗金額為M，則物耗可抵扣稅金為17%M，設銷售額為N，扣稅平衡點為M=4%N÷17%=23.53%N，在M＜23.53%N時，設立運輸公司則有節稅空間。
壹般情況下，當自有車輛可抵扣的物耗大於23.53%時，自有車輛無需獨立；若自有車輛可抵扣的物耗小於23.53%，可以考慮成立運輸公司。但成立運輸公司會有各種費用發生，如開辦費、人工費用以及其他費用等等，所以，就生產企業來講，是否以自有車輛設立運輸公司，要看運輸業務量，特別要計算對內的運輸業務所產生的節稅收益是否能保證運輸公司的基本費用開支。
例如，某企業為增值稅壹般納稅人，主要生產、銷售大米。2002年，為節省運輸成本，公司購置了壹批車輛。2002年銷售大米實現收入5 000萬元（不含稅），在銷售本單位產品時實現運輸收入500萬元。會計主管為節省稅金支出，將運輸業務視為兼營業務獨立核算，繳納營業稅。已知該企業本年度增值稅進項稅額為455萬元，其中運輸車輛物耗可抵扣稅金為30萬元。
該企業會計計算本年度應納流轉稅為：
5 000×13%-455+500×3%=210（萬元）。
根據以上的分析，該企業對應納稅金的計算方法不正確，正確的應納稅金計算方法為：
（5 000+500÷1.13）×13%-455=252.5（萬元）。
從節稅考慮，該企業應成立運輸公司，獨立核算。
企業應納增值稅為：5 000×13%-(455-30+500×7%)=190（萬元）。
運輸公司應納營業稅為：500×3%=15（萬元）。
以上方案***繳納稅金205萬元，比企業在不成立運輸公司的情況下少繳稅金47.5萬元，原因就是車輛可抵扣物耗金額為176萬元，所占銷售額的比例遠遠小於23.53%。
三、從支付運費方式的角度對運輸業務進行籌劃
企業無自有車輛，請外面的運輸公司運輸貨物，這類業務壹般有企業直接支付運費或代購貨方墊付運費兩種形式。要降低稅負，可以采用代墊運費的方式進行操作。企業以正常的產品價格與購貨方簽訂產品購銷合同，並商定：運輸公司的運輸發票直接開給購貨方，並由企業將該項發票轉交給購貨方，企業為購貨方代墊運費。另壹方面，與運輸公司簽訂代辦運輸合同，企業在貨物運到後向運輸公司支付代墊運費。這樣，企業就可以節省運費收入10%的稅金。
例如，某生產水泥企業（增值稅壹般納稅人）與購貨方簽訂銷售合同，水泥以每噸280元賣給購貨方，其中包含運輸費用35元。該企業每年銷售水泥10萬噸。企業沒有自有車輛，請運輸公司運輸產品，每噸運費為35元。企業進項稅額為180萬元（不含運輸發票可抵扣的進項稅額）。按這種方式，企業應納增值稅為：
100 000×280×17%-(1 800 000+100 000×35×7%)=
271.5（萬元）。
如果企業和運輸公司以代墊運費的方式簽訂運輸合同，每噸價格為35元，同時對原銷售合同進行修改，將代墊運費從銷售價格中分離出來，水泥每噸價格從280元降為245元。這樣處理後，企業整體利潤並未減少，卻可節約稅金支出35萬元。