1.對進項稅額總體水平的稽查。在對進項稅額實施稽查之前，首先可以對被查單位的進項稅額的總體水平進行測試，稽查納稅人在所屬期內發生的進項稅額總額，是否大約等於扣除項目金額與適用稅率的乘積。如果有差額，則很可能是納稅人將購買貨物或應稅勞務沒有取得專用發票的稅額，或不合規定不予抵扣的稅額壹並記入了進項稅額中進行抵扣。測試方法如下：
(1)按不同的適用稅率統計扣除項目金額。例如，通過稽查“原材料”、“庫存商品”、“低值易耗品”、“包裝物”等賬戶，統計適用基本稅率的項目的全年累計借方發生額;通過稽查“生產成本——基本生產(輔助生產)”賬戶，得到水、電、氣的全年成本金額;通過稽查“產品銷售費用”賬戶，得到企業發生的運輸費用金額。
(2)計算當期最大限額抵扣稅額。按上述統計金額分別乘以適用稅率計算所屬期間的進項稅額，即為當期最大限額抵扣稅款;再加上由“待攤費用——期初進項稅額”轉入當期的進項稅額和當期已申報人庫的已繳增值稅金，應約等於“應交稅金——應交增值稅”當期累計借方發生額。
(3)比較結果，分析原因。如果上述測算結果小於“應交稅金——應交增值稅(進項稅額)”賬戶借方發生額，說明企業存在多計進項稅額的可能性，應重點開展詳細稽查。如果上述測算結果大於“應交稅金——應交增值稅(進項稅額)”賬戶的借方發生額，則說明企業有可能存在進貨沒有取得專用發票或其他類似情況，應進壹步分析其原因，看有無影響增值稅的計算。例如，設法了解企業有無重大的非應稅項目：
①進行財務報表相關分析。從資產負債表中，分析在建工程、固定資產的變動情況，有無在建工程建設項目、待處理財產損失項目等。
②進行產品品種、用途分析。稽查被稽查企業是否有免稅產品;若生產的產品為生活用品，是否可能發放給職工;產品銷售對象有無出口產品。
③進行經營項目分析，稽查企業有無兼營非應稅項目，如裝潢、房地產等。
總之，應當進行各種形式的比較分析，找出可能存在的問題，有目的、有重點地展開詳細稽查。
2.進項稅額抵扣合法性的稽查
(1)對專用發票的稽查
①審查有無未取得法定憑證而進行抵扣的情況。需逐筆審核進項稅計稅憑證，稽查有無未取得法定憑證而進行實際抵扣。有無以復印件、傳真件代替原件進行實際抵扣等情況。
②審查有無以錯誤法定憑證而進行抵扣的情況。抽查進項稅計稅發票，核實納稅人登記號是否壹致，印章是否齊全，開戶銀行及賬號是否壹致，金額有無塗改等。凡是以上要素有誤的專用發票不得實際抵扣，購進單位與付款單位不壹致時，也不得抵扣。
③審查有無代開、虛開專用發票的情況。逐筆審查專用發票，壹是辨別發票真偽;--是發現有進項壹直大於銷項，或某固定往來單位常開出大額專用發票及開票單位與實際付款單位不相壹致等線索時，應抽查專用發票、銀行單據、實際進貨數量等，確認有無代開、虛開專用發票的情況。
(2)對經濟業務事項的稽查。由於進項稅額是伴隨著企業采購業務的發生而流入企業，所以稽查時應著重稽查與外購項目相關的“原材料”、“庫存商品”、“低值易耗品”、“包裝物”、“制造費用”等科目所反映的經濟業務是否屬實，金額是否正確，有無專用發票作為扣稅憑證。
①稽查有關科目的借方發生額，確定采購業務的事項是否屬實。可以通過企業正常的采購、耗用水平加以判斷，並調閱記賬憑證和原始資料，稽查付款方式，是否已支付貨款，付款對象、取得的專用發票有無異常等，找出疑點，核查清楚。必要時可以采用函證、實地調查等方法進壹步稽驗證實。
②檢驗有關科目的借方發生額是否應歸屬於該科目，有無將固定資產記入“原材料”科目，或是將購入固定資產的金額化整為零，記入“低值易耗品”科目，以達到抵扣進項稅款的目的。在稽查時可以選擇壹些采購金額、數量較大的或與平時正常采購業務相比波動較大的業務，調閱原始憑證，驗證內部控制制度的執行，重點審核購進貨物取得的專用發票的內容。根據填開的貨物各稱、單位，對照財務制度的規定稽查是否確實屬於“原材料”或“低值易耗品”。
③稽查購進的貨物及應稅勞務是否用於非應稅項目。在稽查時，可以通過稽查企業經營的實際情況，根據購進貨物的用途加以推斷。例如，服裝生產企業采購記入“原材料”科目的材料是鋼材、水泥;鋼鐵生產廠采購記入“原材料”科目的是大米等。這些情況可以判斷為用於非應稅耗用。在稽查時，還應特別註意商業零售企業開具的專用發票，稽查其是否屬於企業購進的生活資料，如果屬實，則不能抵扣稅款。
3.非專用發票扣稅的稽查。免稅農業產品、運輸費用及收購廢舊物資進項稅額的抵扣憑普通發票即可實施，在稽查時應予以註意。
(1)審查允許計算扣除的範圍。免稅農產品的範圍詳見財政部、國家稅務總局《關於調整農業產品增值稅率和若幹項目征免增值稅的通知》，審查扣稅項目是否屬於免稅農產品，其采購對象是否是農民、農業免稅單位自產的農產品和小規模納稅人銷售的農產品。審查運輸費用是否屬於企業代墊的運費而未記入銷售額中，如果屬實，則不能抵扣;另外，購買或銷售免稅貨物以及外購固定資產的運費也都不能抵扣。
(2)審查計算扣稅的憑證是否合法。收購農民個人自產農產品應使用稅務機關批準的統壹收購憑證;小規模納稅人應提供普通發票;農業免稅單位提供的應是當地財政部門印制的套有國家稅務總局發票監制章的統壹格式收據及農業特產稅繳款書;運費結算單據是指國營鐵路、民用航空、公路和水上運輸單位開具的貨票以及從事貨物運輸的非國有的運輸單位開具的套印有全國統壹發票監制章的貨票。
(3)檢查扣稅金額計算是否正確。首先應稽查計算的基數是否正確，註意企業有無將裝卸費、保險費等雜費也計入了運輸費用中。其次，稽查其適用的扣除率是否正確，註意運輸費用的扣除率是否已按規定改為了7%。
4.進項稅額抵扣時問的稽查。根據規定：工業企業購進貨物入庫後，才能申報抵扣進項稅額;商業企業購進貨物付款後，才能申報抵扣進項稅額;購進應稅勞務，應在勞務費用支付後申報抵扣進項稅額。
稽查進項稅額抵扣時間，可以從以下幾個方面著手：
(1)稽查購進貨物的賬務處理，看有無異常情況。例如，稽查發現如下的賬務處理：
借：在途材料(材料采購)
借：應交稅費——應交增值稅(進項稅額)
貸：銀行存款(應付賬款)
則可以判斷這屬於異常會計分錄，企業在貨物尚未入庫時就已經抵扣了進項稅額。
(2)對工業企業，應審查驗收入庫的手續是否符合管理要求，核實貨物驗收入庫單，必要時進行實物盤點，確認企業有無在材料未入癢前就抵扣進項稅額的現象。
(3)對商業企業，應結合購進貨物的賬務處理，核實應付賬款的明細賬，確認企業有無未付款就抵扣進項稅額的現象。
(4)對以物易物、接受捐贈、接受投資的貨物，要註意審查企業是否擁有具有法律效力的合同、章程、證明及有關部門的評估證明資料。
5.進項稅額轉出的稽查
(1)非正常損失的稽查。所謂非正常損失，是指生產經營過程中，不屬正常的損耗，包括自然災害損失、因管理不善造成貨物被盜、發生黴爛等損失以及其他非正常損失。企業在產品和產成品耗用的非正常損失的購進貨物或應稅勞務按規定不得抵扣進項稅額。非正常損失壹般發生在采購、生產、保管、銷售四個環節。
壹對非正常損失的稽查應從以下幾方面進行：
①確認是否存在正常損失。
首先，分析會計報表。壹查資產負債表的“待處理財產損益”項目，調閱相關憑證進壹步核實是流動資產損失，還是固定資產損失，因為只有流動資產的損失才有可能涉及到增值稅的調整問題;二查損益表，如果發現表中列支的“營業外支出”金額較大，則調閱憑證看有無非正常損失項目。
其次，分析財務指標。有的納稅人在發生了非正常損失後，不通過“待處理財產損益”科目核算，而是直接增加當期生產或銷售成本，導致月份成本偏高、毛利率偏低。稽查時可通過比較分析法，查看納稅人在稽查期所銷售貨物的平均單位成本是否比壹般水平偏高，如果確定偏高又無合理解釋的，就說明納稅人有隱瞞非正常損失的可能。這時應重點稽查“原材料”、“產成品”、“生產成本”賬戶的貸方發生額，通過貸方發生額的具體內容判定企業是否存在將非正常損失項目自行消化的情況。
再次，分析存貨的呆滯金額。稽查存貨明細賬，對壹些品種的外購貨物原材料及企業產成品和多少年來都是上年連續結轉數量而金額沒有變的呆滯金額，應查明實物是否存在;對數量少、金額較大的品種抽樣實物盤點，查明是否名存實亡;再核實短少的存貨，對已銷的部分作實現銷項稅額處理，對損失部分作進項稅額轉出。
最後，債權賠償分析。有些非正常損失應由外單位或個人承擔責任，在雙方協商壹致的情況下，對方作出壹定賠償。簽訂賠償協議內容可以反映非正常員損失的真實情況;雙方協商不壹致的，可能產生經濟訴訟，訴訟材料也會反映非正常損失的真實情況;另外，自然災害等原因導致的損失，通過保險公司在賠償時詳細調查的企業存貨損失情況資料及作出的賠償金額，也能充分得到證實。
②審查非正常損失是否已作進項稅額轉出。對企業發生的損失確認後，財務核算已作賬務處理的，可以通過“待處理財產損益”賬戶的借方發生額，調閱記賬憑證，稽查其賬務處理。如果“待處理財產損益”賬戶借方發生額對應關系為貸記“原材料”、“低值易耗品”、“包裝物”、“產成品”、“生產成本”，同時貸記“應交稅金——應交增值稅(進項稅額轉出)”，說明被查企業已作進項稅額轉出。如果上述對應關系中貸方沒有發生“應交稅金——應交增值稅(進項稅額轉出)”，則說明存在未轉出進項稅額，應予以調整。同理，企業發生損失查明原因後，企業決策者批準直接在“營業外支出”賬戶中列支的，則采用相同的方法查看“營業外支出”賬戶的借方發生額的對應關系是不是“應交稅金——應交增值稅(進項稅額轉出)”，若不是，則也應進行調整。
對企業發生的非正常損失沒有及時按會計制度進行正確核算處理的，應分析損失項目的具體情況分別處理，在進項稅額轉出的同時分別貸記“原材料”、“生產成本”、“產成品”等賬戶。
③稽查“進項稅額轉出”金額是否正確。稽查計稅依據是否正確;註意毀損貨物的具體時間，查看有無延期轉賬的現象;稽查計算方法是否正確，是否人為地減少了物耗項目，進而少了進項稅額。
(2)企業購進貨物用於非應稅項目、免稅項目等的稽查。
①審核“原材料”：賬戶的貸方，確定原材料的用途。可以核對有關的原始憑證，稽查“原材料”貸方發生額的對應借方科目是否是“其他業務支出”、“生產成本——基本生產——X×免稅產品”、“在建工程”、“應付福利費”等科目;如果是，則進壹步稽查在貸記“原材料”科目的同時，是否作了相應金額的進項稅額轉出的處理。對未作處理的，應予以糾正。
②審查“營業外支出”、“其他應收款”、“生產成本”、“應付福利費”等賬戶的借方，確定有無未進行還原而直接按不含稅價格轉入原材料的現象。
③對於免稅項目耗料和應稅項目耗料不能分清核算的，應按銷售收入比例分攤進項稅額，即按下列公式計算不得抵扣的進項稅額：
不得抵扣的進項稅額=當月全部進項稅額×(當月免稅項目銷售額與非應稅項目營業額合計)÷當月全部銷售額營業額合計
如果納稅人月度之間的購銷不平衡，按上述公式計算出現不得抵扣的進項稅額不實的現象，稅務機關可采取年度清算的辦法，即年末按當年的有關數據計算當年不得抵扣的進項稅額，對月度計算的數據進行調整。這時就需要審查企業年末是否按全年銷售收入比例予以調整分攤比例。
(3)企業退貨或折讓而收回增值稅的稽查。稅務人員可以直接從進貨退回的紅字處理追蹤相的進項稅額有無扣減。另外，購貨方發生退貨時必須由當地稅務機關提供《銷貨退出或索取折讓證明單》以下簡稱《證明單》。稽查時可以要求被查企業提供《證明單》的存根聯，核對開具退貨的數量、價款及稅額與賬面沖減的數量、金額、稅額是否壹致，有無人為延期作出進項稅額轉出。審查企業有無利用現行的購進扣稅法，大量進貨或虛假進貨，增大當期進項稅額，然後辦理退貨延期緩繳應納增值稅。這可以通過資金的流動，及供貨方單位的情況加以審定。
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