壹、增值稅專用發票的開具
增值稅專用發票是通過增值稅開票系統開具的。納稅單位經稅務機關的認證，取得了增值稅壹般納稅人資格後，就可以申請安裝增值稅防偽開票系統。防偽開票系統由金稅卡、系統軟件、IC卡及讀卡器、實物發票、打印機組成。 購買增值稅發票需攜帶IC卡、公章。
二、增值稅進項發票的認證。
納稅人在取得增值稅進項發票以後，就可以到稅務機關大廳或者自己進行購掃描儀對增值稅發票的認證，只有通過認證的發票才能抵扣。認證的渠道可交由國稅申報大廳，由稅務工作人員將發票信息掃入系統，由系統自動進行比對；開通網上認證者，可將發票通過掃描儀掃入，將數據文件傳給稅務機關就可以完成認證。增值稅發票認證的期限為從開票之日起三個月，也就是90天內。目前當月認證的發票必須在當月抵扣做進財務帳裏。
三、抄報稅。
抄報稅指的是將防偽開票系統開具發票的信息報送稅務機關。月底（通常是在次月的1號）在開票系統進行抄稅處理，將本月開具增值稅專用發票的信息讀入IC卡(抄稅完成後本月不允許再開具發票)，在申報期內，將IC卡拿到稅務機關，由稅務人員將IC卡的信息讀入稅務機關的金稅系統。
經過抄稅，稅務機關確保了所有開具的銷項發票到進入到了金稅系統，經過報稅，稅務機關確保了所有抵扣的進項發票都進入了金稅系統，就可以在系統內由系統進行自動進行比對，確保仍何壹張抵扣的進項發票都有銷項發票與其對應。
四、納稅申報
上月留底稅加本月進項稅額與銷項稅額的差額就是本月留底稅或者應納稅額，其中銷項稅額根據本月銷售收入與適應稅率計算出，這個數字應當大於等於本月抄稅中的銷項稅額（可能存在未開票的銷售收入）進項稅額不得大於本月認證的進項稅額(當然如果有農產品收購、運輸發票抵扣的除外)。
五、稅款繳納
增值稅申報之後，稅務機關會自動開具稅款繳納的單據，國稅憑這些單據傳送到開戶銀行，由銀行進行轉賬處理。當然也可以到稅務機關指定銀行進行現金繳納。