前身為蒙城佛光小學，為國民政府與佛教組織合辦，後受抗戰思想影響，國民政府將其改名為復光小學。
第壹校長葛慶臣，教師有黃協濟、範文波、黃瑞恒，壹班學生30人，開設課程有國文、經學、史地、算術、手工等門類。
1943年發展為6個班240人，教師有張學敬、孫弼臣、李蘭珊、梁文煥、張永修等8人。
校長黃協濟、教務主任鄧士林。1944年停辦，師生遷至縣立相關小學，因其校園後院有廟堂，其校址則成為佛廟之地，多有人出城來此燒香拜佛，被人稱為李庵廟。
1956年確立雙澗、三義為縣第壹、第二初級中學之後，1958年春二中被確立為蒙城縣初級農校，時任校長李成印。
生源多來自農村，課程開課有，初壹開6科、初二開8科、初三開9科。初二代數、幾何並進，物理、歷史等兩個學年，化學、地理、生物各學壹個學年。增設課程有：工農業基礎知識實習課，社會主義教育課等。1959年春6個教學班，學生310人，教職工28人。
學生兼學農技、農業知識。1960年蒙城初師停辦，其學生並入他校，其中壹個班學生52人並入蒙城初級農校。
1961年蒙城初級農校更名為蒙城李庵中學，李成印校長調離由鄒勝明代理校長（負責人），1962年命名為李庵中學，1973年定名為蒙城縣第二中學，1974年開設高中教育，成為縣完全中學,1998年原蒙城三中並入二中，辦學規模不斷擴大。
二中的發展經歷了整整二十多年的艱苦過程之後，1997年有了新的轉機，自97年以來投資1200多萬元，新建造型新穎建築面積達5880m2的五層綜合性教學大樓。內設40個標準教室、388個座位的階梯教室、多媒體語音室、微機室、現代化教育教學管理雙控室、教師集體辦公室、教育教學行政管理辦公室、教職工周末文化娛樂廳等。集資新建建築面積達7000平方米的三棟興教宿舍樓，組成花園式生活小區。新建兩層建築面積達1600平方米的現代化的學子餐廳。
97年本科達線4人，實現了零的突破。98年高考本科達線15人，實現了翻兩番增長。99年高考又創佳績，390人參加高考，達線240人，達線率61.5%，是98年的3.8倍；本科達線54人，其中重點本科12人，在98年高考本科達線15人的基礎上翻番增長，是98年的3.4倍，創二中高考歷史記錄。2000年高考本科達線124人，首次突破百人大關，尤其是王其飛、宋錦飛同學分別被北大、復旦錄取，填補了二中高考無名牌大學的空白，也填補了近年來我縣無人上北大的空白。2001年中、高考再創歷史新高。2002-2007高考連續數年取得好成績。其中2004年突破600人大關，每年都有許多同學升入全國重點大學深造。
2009年蒙城二中高考達線人數為881人。
2010年本科達線人數為1126人，本科達線超過55%。在生源質量壹般的情況下，蒙城縣文科第壹名、第二名全在蒙城二中。
2011年高考本科達線1051人。全縣高考前10名，二中占4人。
2012年高考本科達線1012人。
2013年蒙城第二中學高考 曹雲雪同學全縣文科第壹名。 2013年高考全縣文科前10名，二中占5人。高三（12）班曹雲雪同學以高考592分的優異成績，榮獲全縣文科狀元（班主任：候坤明）；祝賀高三（24）班李靜同學以高考570分的好成績，榮獲全縣文科第六名，高三（24）班張國強同學565分，榮獲全縣文科第九名（班主任：張聖剛）；祝賀高三（3）班陶猛同學高考569分，榮獲全縣文科第七名（班主任：柴茂銅）；祝賀高三（21）班邵思路同學高考566分，榮獲全縣文科第八名（班主任：張衛東）。