增值稅壹般納稅人在業務過程中經常發生增值稅專用發票丟失的情況。增值稅專用發票丟失後，首先要明確發票丟失的責任。如果是銷售方的責任，就要按規定由稅務機關處罰未保存發票。如果是買方的責任，需要向對方出具丟失發票的說明和主管稅務機關未按規定保管發票的處罰證明，然後分成
1.銷售丟失增值稅專用發票
(1)空白未開具的增值稅專用發票丟失的，壹是按規定程序向銷售人員所在地主管稅務機關和公安機關報告，由稅務機關接受處罰；其次，主管稅務機關要收取掛失登記費，掛失專用發票的納稅人名稱、發票號碼、磁道號、印章等。，並在《中國納稅申報機構》等納稅申報雜誌上統壹發布(分發)損失報告書。
(2)銷售人員遺失專用發票的發票及抵扣聯，經申報、聲明後，向主管稅務機關開具遺失增值稅專用發票申報證明，並將證明復印件和遺失發票的收費聯交買方抵扣。
(3)銷售人員遺失已開具的專用發票抵扣聯和發票聯各壹聯(兩聯並非全部遺失)，購買者可使用未遺失的聯經主管稅務機關認證記賬，並留壹聯備查。
2.買方丟失增值稅專用發票。
(1)如果掛失前認證壹致，經買方主管稅務機關審核同意後，買方可以將賣方提供的相應專用發票費用聯和賣方當地主管稅務機關出具的增值稅專用發票遺失聲明證明作為增值稅所得稅抵扣憑證。
(2)損失前未認證的，買方應將賣方提供的相應專用發票聯次認證給主管稅務機關。賣方所在地主管稅務機關出具的專用發票認證聯和增值稅專用發票遺失聲明證明，經買方主管稅務機關審核同意後，可作為增值稅所得稅抵扣憑證。