如果是增值稅開票系統開出的清單，是不可能合發票票面稅額不符的（有發票清單的的發票，壹般在發票票面上只反映：詳見發票清單、金額、稅額）；如果增值稅發票票面稅額和清單上的稅額不相符，說明是分別開具的。（壹般在發票票面上反映：產品的名稱、單位、數量、金額、稅額），如果是這樣的話，稅務所驗證發票只承認票面上的金額，不看清單的；清單上的金額只要妳公司認為可以，就可以收；不可以的話，就讓對方公司重新開具清單，如果嚴格壹點的話，就應退票處理。
增值稅專用發票是由國家稅務總局監制設計印制的，只限於增值稅壹般納稅人領購使用的，既作為納稅人反映經濟活動中的重要會計憑證又是兼記銷貨方納稅義務和購貨方進項稅額的合法證明；是增值稅計算和管理中重要的決定性的合法的專用發票。
實行增值稅專用發票是增值稅改革中很關鍵的壹步，它與普通發票不同，不僅具有商事憑證的作用，由於實行憑發票註明稅款扣稅，購貨方要向銷貨方支付增值稅。它具有完稅憑證的作用。更重要的是，增值稅專用發票將壹個產品的最初生產到最終的消費之間各環節聯系起來，保持了稅賦的完整，體現了增值稅的作用。
《中華人民***和國增值稅暫行條例》第壹條 在中華人民***和國境內銷售貨物或者加工、修理修配勞務（以下簡稱勞務），銷售服務、無形資產、不動產以及進口貨物的單位和個人，為增值稅的納稅人，應當依照本條例繳納增值稅。
第三條 納稅人兼營不同稅率的項目，應當分別核算不同稅率項目的銷售額；未分別核算銷售額的，從高適用稅率。