遺失增值稅專用發票，妳公司需向《中國稅務報》和當地日報（或商報）辦理發票遺失聲明及向稅務機關辦理發票掛失申請審批手續。
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1、遺失增值稅專用發票，需向當地稅務局指定報刊辦理發票遺失聲明及向稅務機關辦理發票掛失申請審批手續:
2、完成上述匯款和掛失刊登手續後，納稅人需到主管國稅分局領取並填報《增值稅專用發票遺失聲明刊登表》，連同刊登發票和刊登匯款單報送當地國稅分局辦稅服務廳辦理審批手續。
根據《發票管理辦法》第三十六條規定，納稅人未按規定保管發票，由稅務機關責令限期改正，沒收非法所得，可以並處1萬元以下的罰款。
購貨方遺失專用發票後的認證和進項稅額的抵扣處理:
1、壹般納稅人丟失防偽稅控系統開具的增值稅專用發票，如果該發票丟失前已通過防偽稅控認證系統的認證，購貨單位可憑銷貨單位出具的丟失發票的存根聯復印件及銷貨方所在地主管稅務機關出具的《增值稅壹般納稅人丟失防偽稅控開具增值稅專用發票已抄報稅證明單》，經購貨單位主管稅務機關審核批準後，作為增值稅進項稅額抵扣的合法憑證抵扣進項稅額。
2、壹般納稅人丟失防偽稅控系統開具的增值稅專用發票，如果該發票丟失前未通過防偽稅控認證系統的認證，購貨單位應憑銷貨單位出具的丟失發票的存根聯復印件到主管稅務機關進行認證，認證通過後可憑該發票復印件及銷貨方所在地主管稅務機關出具的《增值稅壹般納稅人丟失防偽稅控開具增值稅專用發票已抄報稅證明單》，經購貨單位主管稅務機關審核批準後，作為增值稅進項稅額抵扣的合法憑證抵扣進項稅額。
3、出具《增值稅壹般納稅人丟失防偽稅控開具增值稅專用發票已抄報稅證明單》需提供以下資料：
1）丟失書面報告；
2）丟失專用發票記帳聯復印件
。到稅務機關指定的報社登報聲明作廢，然後按下面方法處理：
已開具的增值稅專用發票丟失的處理依據及方法：如果還在90天認證期內，按照國稅發[2002]10號文件規定處理就可以了。國稅發[2002]10號文件規定：壹般納稅人丟失防偽稅控系統開具的增值稅專用發票，如果該發票丟失前已通過防偽稅控系統認證，購貨單位可憑銷貨單位出具的丟失發票的存根聯復印件及銷貨方主管稅務機關出具的“增值稅壹般納稅人丟失防偽稅控系統開具增值稅專用發票已抄報稅證明單”，經購貨單位主管稅務機關審核批準後，作為增值稅進項稅額抵扣的合法憑證抵扣進項稅額。
壹般納稅人丟失防偽稅控系統開具的增值稅專用發票，如果該發票丟失前未通過防偽稅控系統認證，購貨單位應憑銷貨單位出具的丟失發票的存根聯復印件到主管稅務機關進行認證，認證通過後可憑該發票復印件及銷貨方主管稅務機關出具的“增值稅壹般納稅人丟失防偽稅控系統開具增值稅專用發票已抄報稅證明單”，經購貨單位主管稅務機關審核批準後，作為增值稅進項稅額抵扣的合法憑證抵扣進項稅額。