如果是個人開具增值稅專用發票，根據稅務局規定應在開具發票的發票聯和抵扣聯加蓋本單位的發票專用章。如果是申請由稅務機關代開增值稅專用發票，根據規定，增值稅納稅人應在代開專用發票的備註欄上，加蓋本單位的財務專用章或發票專用章。如果是代開增值稅專用發票應由代開企業在代開的增值稅專用發票發票聯和抵扣聯的備註欄上加蓋本單位的發票專用章。
增值稅專用發票由基本聯次或者基本聯次附加其它聯次構成，分為三聯版和六聯版兩種。
蓋章的註意事項：壹般通常情況下，具體蓋的時候，壹定要註意看準蓋章的地，發票右下角有壹個銷售方蓋章處，不要蓋在中間，最好字體頭朝上，盡量蓋清楚即可。而且發票上壹定是只能蓋發票專用章，公章及財務章均不符合要求。
法律依據
《中華人民***和國發票管理辦法實施細則》
第二十八條：“單位和個人在開具發票時，必須做到按照號碼順序填開，填寫項目齊全，內容真實，字跡清楚，全部聯次壹次打印，內容完全壹致，並在發票聯和抵扣聯加蓋發票專用章。”2小規模納稅人到稅務機關代開增值稅專用發票：本單位發票專用章根據《國家稅務總局關於印發《稅務機關代開增值稅專用發票管理辦法(試行)》的通知》(國稅發〔2004〕153號)第十壹條：“增值稅納稅人應在代開專用發票的備註欄上，加蓋本單位的財務專用章或發票專用章。”3小規模納稅人到稅務機關代開增值稅普通發票：稅務機關代開發票專用章根據《國家稅務總局關於加強和規範稅務機關代開普通發票工作的通知》(國稅函〔2004〕1024號)第三條第三款：“無論使用計算機開具還是手工填開，均須加蓋稅務機關代開發票專用章，否則無效。”