電子增值稅專用發票與紙質增值稅專用發票的區別主要體現在介質和保存方式上。電子發票是數字化的，可以在電子設備上直接查看和存儲，而紙質發票是實體紙張。電子發票保存方便，僅需保留電子檔案，必要時進行打印，避免了紙質發票丟失的問題。電子發票開具成本較低，可以在線開具，減少了印刷費用、稅控設備成本和人力資源。紙質發票需要實體存儲空間，且紙張可能隨時間磨損或損壞。電子發票在管理、存儲方面更加便利和高效。
增值稅專用發票的類型：
1、電子增值稅專用發票：是指通過電子方式開具和傳輸的增值稅專用發票，具有法律效力、賬務處理和稅務管理功能；
2、紙質增值稅專用發票：是指由稅務機關統壹印制或者經稅務機關批準後由企業自行印制的增值稅專用發票，用於記錄交易並作為納稅憑證。
綜上所述，增值稅專用發票無論是電子形式還是紙質形式，其本質區別在於介質和保存方式，電子發票以其數字化特性、低成本、易保存和管理的優勢，相比紙質發票更具有便捷性和高效性，而紙質發票則需占用實體空間且易受時間影響磨損。
法律依據：
《中華人民***和國電子商務法》
第十四條
電子商務經營者銷售商品或者提供服務應當依法出具紙質發票或者電子發票等購貨憑證或者服務單據。電子發票與紙質發票具有同等法律效力。
《中華人民***和國增值稅暫行條例》
第二十壹條
納稅人發生應稅銷售行為，應當向索取增值稅專用發票的購買方開具增值稅專用發票，並在增值稅專用發票上分別註明銷售額和銷項稅額。屬於下列情形之壹的，不得開具增值稅專用發票：（壹）應稅銷售行為的購買方為消費者個人的；（二）發生應稅銷售行為適用免稅規定的。