1、計算應納稅額：根據企業所得稅法規定，企業債券利息應當按照實際收到的金額計算出應納稅額；
2、繳納企業所得稅：企業在規定的期限內，將計算出的應納稅額繳納給國家稅務機關即可；
3、申報納稅：企業需要按照規定的時間和方式向國家稅務機關申報企業的納稅情況，包括年度納稅申報、月度或季度預繳等；
4、稅務機關核定：國家稅務機關對企業提交的納稅申報進行審核和核定，確認企業實際應納稅額並下發稅務發票等文件；
5、繳納增值稅和附加稅：除了企業所得稅之外，企業還需要繳納增值稅和附加稅，具體流程與企業所得稅類似。
企業所得稅的立案標準：
1、納稅人身份：企業所得稅的立案需要確認納稅人的身份，包括企業的名稱、納稅人識別號等信息；
2、稅收管理部門：企業所得稅的立案需要確認企業所屬的稅收管理部門，以便進行稅務管理和監督；
3、稅務登記信息：企業所得稅的立案需要確認企業的稅務登記信息，包括稅務登記證號、稅務登記類型、稅務登記機關等信息；
4、稅收核算基礎：企業所得稅的立案需要確認企業的稅收核算基礎，包括所屬行業、納稅方式、計稅方法等信息；
5、納稅期限：企業所得稅的立案需要確認企業的納稅期限，以便企業及時申報和繳納稅款；
6、稅務審查標準：企業所得稅的立案需要確認稅務機關進行稅務審查的標準和程序，以便企業進行申報和繳納稅款。
綜上所述，企業在進行留抵退稅時，應當遵守相關稅收法規和政策規定，提供真實、準確的報稅材料，避免存在逃稅等違法行為。
法律依據：
《中華人民***和國企業所得稅法》第二十六條
企業的下列收入為免稅收入：
（壹）國債利息收入；
（二）符合條件的居民企業之間的股息、紅利等權益性投資收益；
（三）在中國境內設立機構、場所的非居民企業從居民企業取得與該機構、場所有實際聯系的股息、紅利等權益性投資收益；
（四）符合條件的非營利組織的收入。