辦公室
制定局機關和本系統的年度工作計劃及長遠發展規劃；處理局機關日常政務，起草和審核有關文件和報告；負責綜合性會議組織、秘書事務、文電處理、文書檔案、文印、信訪、保密、調研、政務信息、稅收宣傳和外事工作；負責組織稅收科研、學術交流和科研成果的鑒定、評選、推廣及獎勵工作；制定辦公規章制度；管理機關財務；負責本系統目標管理考核及督查督辦工作；組織實施綜合行政管理信息系統；辦理人大代表建議、政協委員提案；協助局領導對有關工作進行綜合協調。
政策法規處
進行有關政策法規的調查研究和宣傳培訓；負責貫徹、建立和推行規範稅收執法的規章、制度；負責稅收資料調查工作；負責組織對稅收法律、法規執行情況進行監督檢查；承辦重大稅收案件審理的日常工作；負責稅務行政訴訟、聽證和賠償等涉稅法律事務；負責規範性文件的會簽把關、稅收檢查案件的復查復審以及配合審計、財政監督等部門的外部監督工作。
流轉稅管理處
負責流轉稅稅政業務並對其執行情況進行監督檢查；擬訂有關流轉稅征收管理的具體辦法；管理增值稅專用發票；負責金稅工程流轉稅業務的管理及推廣應用工作。
所得稅管理處
負責所得稅稅政業務並對其執行情況進行監督檢查；擬訂有關所得稅征收管理的具體辦法；負責城市商業銀行、城鄉信用社的財務制度管理工作。
國際稅務管理處
負責鎮江市區涉外企業納稅戶管理工作及對各轄市(區)局外稅業務的指導;負責國際稅收協定執行、反避稅實施、涉外稅務審計、情報交換、我國及外國居民跨國收益稅收監管等國際稅務事項管理；負責現行涉外企業所得稅稅收政策管理並對執行情況和日常管理情況進行監督檢查。
進出口稅收管理處
負責國家進出口稅收政策及管理辦法的貫徹落實、日常監督檢查工作；負責出口貨物退免稅的審核審批、年終清算；負責出口貨物退免稅信息化管理系統的推廣應用和維護工作；配合有關部門組織實施反避稅檢查。
征收管理處
組織實施綜合性稅收征管法律、法規和規章制度並制定綜合性稅收征管制度和辦法；負責稅務登記等稅收資料的管理；牽頭對征管質量的綜合考核；指導個體工商戶和集貿市場稅收征管；負責組織征管軟件和除涉及增值稅防偽稅控以外的稅控器具的推廣和應用工作；負責社會性協稅護稅及協助司法機關打擊偽造、倒賣、盜竊普通發票等違法活動；負責稅款緩繳、呆帳稅金、死欠稅款核銷管理工作；牽頭負責納稅評估綜合性制度、辦法的制定和組織實施工作；負責納稅服務、日常稅源基礎管理、日常管理性檢查及其綜合制度、辦法的制定；負責稅務代理工作的監督、管理、指導。
計劃統計處
負責稅收計劃管理、稅收會計、統計和信息數據的分析匯總；承擔納稅人申報納稅信息的集中處理和會統核算工作，組織並檢查稅款入、退庫；負責稅源資料的調查和測算，進行稅收分析，監控重點稅源；負責對稅收票證的管理。
計劃統計處與信息中心合署辦公。
財務管理處
負責本系統經費、財務、基本建設、裝備和資產的管理工作；組織內部審計和政府采購工作；負責所屬單位的財務管理和監督。
人事教育處
研究和執行人事管理制度；負責機構、編制、任免、考核、錄用、調配、交流、辭退、勞動工資、人事檔案管理、專業技術職務等人事管理工作;負責對下壹級領導班子和領導幹部的監督管理和後備人選的培養選拔工作。
負責本系統思想政治工作、精神文明建設和基層建設；負責教育培訓管理工作；指導系統黨建、工會、***青團和婦聯工作。
離退休幹部辦公室(副科級，掛靠人事教育處)。負責機關離退休幹部的管理和服務工作，指導本系統離退休幹部的管理和服務工作。
監察室
負責本系統各級國稅機關及工作人員貫徹執行黨和國家的路線方針及有關法律、法規、政策情況的監督檢查；負責本系統黨的紀律檢查、行政監察和廉政建設工作；負責執法監察和糾風工作；負責本級管理幹部信訪舉報、違法違紀案件和系統內重大案件查處工作。
辦稅服務廳
負責鎮江市區範圍內稅務管理事務的咨詢、受理、核批工作。
機關黨委辦公室
負責局機關和直屬機構、事業單位的黨務、紀律檢查、工會、***青團、婦聯工作；負責市局機關精神文明建設、思想政治工作和計劃生育工作。