1.外來物種入侵造成的損失巨大
由於植物檢疫不嚴，以及其他各方面的原因，我國外來物種不斷增加，這些外來物種的入侵給我國的國民經濟造成了巨大的損失。2006年國家林業局造林司估計由於外來物種入侵林業的損失是每年660億。農業部門的估計是每年損失574個億。
美國白蛾1945年傳入日本，後傳入朝鮮半島。1979年傳入我國東北，現已侵入北京、山東等地。據估算2004年美國白蛾給我國造成的損失合計為2.300億元～3.052億元。
原產南美的鳳眼蓮(水葫蘆)，1901年作為花卉引入我國，五六十年代曾作為豬飼料推廣，此後大量逸外野生。在雲南昆明市，20世紀70-80年代建成了比較理想的大觀河水上旅遊線路，遊人可以從昆明市內開始乘船遊滇池和西山。但自20世紀90年代初開始，大觀河和滇池中的水葫蘆“瘋長”成災，覆蓋了整個大觀河以及部分滇池水面，致使這條旅遊線路被迫取消，原來在大觀河兩側的配套旅遊設施只好報廢或改作他用。
有森林“SARS”之稱的松材線蟲1982年隨木質包裝從日本傳入我國南京，隨後在廣東、浙江、山東、湖南等地相繼立足。對黃山、張家界等風景名勝區構成了巨大威脅。湖南是我國第十二個松材線蟲病疫情省，自2003年9月首次在郴州發現染病枯死馬尾松以來，目前發生範圍已擴展到4市6縣，發生面積超過1萬畝，對全省4236萬畝松林資源構成嚴重威脅。松材線蟲病直接威脅到武陵源世界自然遺產(張家界國家森林公園)、毛澤東故居韶山、南嶽衡山的生態安全。
美洲斑潛蠅最早於1993年在海南發現，到1998年已在全國21個省市區發生，面積達130萬公頃以上，它寄生22個科的110種植物，尤其是蔬菜瓜果類受害嚴重，包括黃瓜、甜瓜、西瓜、西葫蘆、絲瓜、番茄、辣椒、茄子、豇豆、菜豆、豌豆和扁豆等。目前在我國，每年防治美洲斑潛蠅的成本高達4億元。
外來生物的入侵除了直接造成巨大的經濟損失以外，還將帶來以下危害：
(1)對生態環境的影響。
在自然界長期的進化過程中，生物與生物之間相互制約、相互協調，將各自的種群限制在壹定的數量上和棲息環境中，形成了穩定的生態平衡系統。當壹種生物傳入到新的棲息環境後，如果脫離了人為控制逸為野生，在適宜的氣候、土壤、水分及傳播條件下，極易大肆擴散蔓延，形成大面積優勢群落，破壞本地動植物組成，危及本地瀕危動植物的生存，造成生物多樣性的喪失。
由於薇甘菊排擠本地植物，廣東內伶仃島上的獼猴缺少適宜的食料，目前只能借助於人工飼餵。飛機草在西雙版納自然保護區的蔓延已使穿葉蓼等本地植物處於滅絕的邊緣，依賴於穿葉蓼生存的植食性昆蟲同樣處於滅絕的邊緣。
(2)對人類健康構成直接威脅。
豚草花粉是人類變態反應癥的主要致病原之壹，所引起的“枯草熱”對全世界很多國家的人類健康帶來了極大的危害。壹些外來動物如福壽螺等是人畜***患的寄生蟲病的中間宿主，麝鼠可傳播野兔熱，極易給周圍居民帶來健康問題。
2.WTO規則與植物檢疫
世界各國在進出口貿易中均非常重視植物檢疫工作，在WTO的眾多協議或協定中，與植物檢疫有關的有《農產品協議》、《技術性貿易壁壘協議》、《實施衛生和植物檢疫措施的協定》(Agreement on the Application of Sanitary and Phytosanitary Measures,簡稱SPS協議)，與植物檢疫關系最密切相關的是SPS協議，要做好入世後的植物檢疫工作，首先要認真研究SPS協議，掌握其精神實質，特別是其中對發展中國家的優惠待遇。SPS協議是世界貿易組織在長達8年之久的烏拉圭回合談判中達成的壹個重要的國際多邊協議。
隨著國際貿易的發展和貿易自由化程度的提高，各國實行動植物檢疫制度對貿易的影響已越來越大，某些國家尤其是壹些發達國家為了保護本國農畜產品市場，多利用非關稅壁壘措施來阻止國外尤其是發展中國家農畜產品進入本國市場，其中動植物檢疫就是壹種隱蔽性很強的技術壁壘措施。由於GATT和TBT對動植物衛生檢疫措施約束力不夠，要求不具體，為此，在烏拉圭回合談判中，通過許多國家的提議制定了SPS協議，它對國際貿易中的動植物檢疫提出了具體的嚴格的要求，它是WTO協議原則滲透到動植物檢疫工作的產物。
SPS協議的主要內容包括：SPS協議的宗旨、適用範圍、同等對待、有害生物風險評估(簡稱PRA)、非疫區和低度流行區、透明度?特殊或差別待遇、組織管理形式、國際標準、指南或建議是建立檢疫措施的基礎、必要的檢疫措施。
風險評估已成為植物檢疫工作最銳利的武器之壹，是制定檢疫法規和檢疫措施的壹項基礎性工作。零風險是不存在的，零風險意味著閉關自守，也不符合SPS協議的要求。這就要求我們按照IPPC的指南進行風險評估，並尋求降低風險的管理措施。我國1996年就成立了植檢PRA工作組，已經對地中海實蠅、小麥矮腥黑穗病、松材線蟲、蘋果蠹蛾、馬鈴薯甲蟲、梨火疫病等有害生物和木質包裝、馬鈴薯、蘋果、李子、葡萄、柑桔等植物產品進行了PRA。
PRA還可以作為壹種隱蔽的技術壁壘加以應用，合理阻止或延緩國外產品大量進入國內市場，保護國內農業生產者的利益。如可以將保護水平定得高壹些，風險分析涉及的有害生物多壹些，所需要的科學依據就相應增加，有時還需要在評估過程中增加相關的基礎性研究。這樣，完成評估所需的時間就會長壹些，客觀上起到阻止某些產品進境的目的，並且不違背SPS協議規則。如：日本因為擔心西紅柿是煙草霜黴病的寄主，從20世紀80年代初就開始對美國的西紅柿進入日本進行PRA，壹直到1996年仍未結束，最後在美國要將此案提交WTO裁決時，日本才決定於1997年4月允許美國的西紅柿入境，從開始評估到同意進口，前後用了15年時間。
換句話說，日本人利用PRA這壹隱蔽的技術壁壘，在15年的時間裏，成功阻止了美國的西紅柿入境，保護了日本國內市場。從上例中可以看出，如何合理應用PRA很有學問，值得我們廣大植檢工作者去研究，在這壹點上，我們應學**美國、日本和歐盟等發達國家的經驗和做法，爭取少走彎路，提高效率。
3.植物檢疫對我國進出口貿易的促進作用
改革開放以來，我國的植物檢疫工作不斷發展，在進口把關、促進出口等方面做出了巨大貢獻，取得了顯著的經濟效益。
(1)進口植檢：2006年前10個月，全國出入境檢驗檢疫機構***截獲有害生物2471種10.4萬次。2007年3月15日,上海外高橋出入境檢驗檢疫局在對壹批進境的土耳其棉短絨實施檢疫查驗時，發現皮蠹類有害生物幼蟲。檢驗檢疫人員當即將樣品送實驗室鑒定，確定為我國禁止進境的壹類有害生物谷斑皮蠹幼蟲。該批進口土耳其棉短絨***有1645噸，價值41萬美元，分裝71個40英尺集裝箱。為防止疫情擴散，外高橋局立即通知港區鎖定所有71個集裝箱，並逐箱實施了嚴格的熏蒸處理。這些植檢措施，既將有害生物擋在了國門之外，又為進口企業挽回了巨大的經濟損失。
(2)出口植檢：國家檢驗檢疫局全力促進農產品擴大出口，相繼與墨西哥、秘魯、智利、泰國、阿根廷、美國、加拿大等10個國家的檢驗檢疫部門簽署了多項關於我國水果出口的植物檢疫議定書或工作計劃。湖南檢驗檢疫局協助當地政府大力加強湘西椪柑出口基地建設，2007年2月9日，20噸湘西椪柑順利出口加拿大，標誌著湘西椪柑近十年來首次直接向發達國家出口。
(3)雙邊協商、互利互惠：近年來，壹些國家對疫區概念有了新的理解和做法，SPS協議也承認非疫區和低度流行區的存在。在壹個幅員遼闊的國家，由於氣候條件、生態環境和檢疫防治措施等不同，對壹種特定的有害生物來說，可能存在疫區和非疫區。對疫區和非疫區的檢疫政策應區別對待，我們要充分利用這壹規則，打破國外壁壘，擴大出口。如日本過去把整個中國都列為瓜實蠅疫區(實際上僅南方部分地區發生)，後經雙方檢疫部門***同實地考察、調查、研究，確定中國的**地區為非疫區，因此，日本允許進口**的哈密瓜。
同時，我們也可以接受非疫區的產品，促進貿易發展。我國過去將美國和智利兩國列為地中海實蠅疫區，禁止進口兩國水果，近年來，經雙方植檢部門***同努力，確認兩國的部分地區為地中海實蠅非疫區，允許有條件(指定果園、包裝廠、監測、低溫處理、不帶檢疫性有害生物、指定入境口岸等)進口美國華盛頓州的蘋果，智利非疫區的蘋果和獼猴桃。上述做法建立在壹定的科學基礎上，符合SPS協議的要求，不僅有效地防止了有害生物的傳入和傳出，又促進了貿易的發展，是今後植檢工作的努力方向。