海關在通往內地的主要陸路通道、火車站、港口碼頭、漁船集散地、機場、郵局分別設立海關機構，實施監管。第三條海關向特區周邊海域派出船只，執行海上巡邏和檢查任務。第四條特區內從事進出口業務的企業，須經國家規定的主管部門批準，並憑工商行政管理部門的有關批準文件和營業執照向海關辦理註冊登記手續。第五條特區內從事進出口業務的企業進口的貨物及其存放的倉庫場所，接受海關監管，並建立專門帳冊，定期以統壹格式向海關書面報告進口物資的使用、銷售、庫存和出口情況。海關有權隨時派員進入企業檢查貨物和有關賬冊。必要時，海關可以派關員到生產企業進行監管並辦理海關手續。有關企業應當無償提供必要的辦公場所和場所。第二章特區進出口貨物管理第六條特區企業、事業單位憑廈門市人民政府主管部門的批準證書，委托有進出口經營權的企業為特區進口生產、建設和自用物資辦理海關手續。
國家規定限制進口的貨物，按照國家有關規定辦理。第七條特區企業、事業單位經國家主管部門或廈門市人民政府批準進口供特區使用的貨物，其關稅和工商統壹稅(產品稅或增值稅)按下列規定辦理:
1.下列貨物免稅:
(壹)特區建設和生產所需的機器、設備、零部件、原材料、材料(包括建築材料)、燃料和貨運車輛；
(二)旅遊餐飲用餐飲材料:
(3)企事業單位和行政機關合理數量的辦公用品和交通工具。
二、國家規定限制進口的貨物(見附件1)及其零件、部件，照章征稅。
上述貨物，如果是企業生產或營業用的，以及事業單位、行政機關自用的，予以免稅。
三、本條第壹款、第二款所列以外的各種物資，在國家批準的進口河運量以內的，按規定稅率減半征稅。超過數額的，超出部分照章納稅。第八條。特區企業出口特區產品，免征出口關稅。
特區企業以內地料、件或半成品加工的出口產品，經過實質性加工，價值增加20%以上的，可視為特區產品，海關憑廈門市人民政府主管部門出具的證明文件驗放。
特區出口國家限制自產的貨物、委托內地出口和購買內地產品出口，按照國家有關規定辦理。第九條特區企業為生產出口產品進口的原材料、料件、零部件(以下簡稱料件)，由海關按照進料加工或保稅工廠的方式進行管理。第十條從事轉口貿易的企業應當是經批準經營進出口業務的企業。轉口貿易貨物必須在進出口時向海關申報。經海關查驗後，應當存放在符合海關監管要求的倉庫或者場所。
轉口貿易貨物在區內的儲存期為壹年。必要時，可以申請延期，但延期期限最多不得超過壹年。轉口貿易貨物需要在儲存地進行包裝、分揀、加貼標簽時，應當向海關提出申請，並接受海關監管。第三章特區與內地之間往來貨物的管理第十壹條經特區批準運往內地的貨物，發貨人或者其代理人應當填寫《特區運往內地貨物報關單》，向海關申報，並按照規定提交批準文件和其他有關文件，經海關查驗後放行。
特區企業用進口料件(包括成套散件、總成)生產裝配的產品需要運往內地的，海關憑下列審批機關的批準文件驗放:
1.用進口料、件(包括成套散件、總成)生產裝配的商品，屬於國家限制進口的商品:運往福建省的，須經福建省人民政府批準；運往外省的，由國務院主管部門批準；
二、部分進口料件、部分國產料件由國家限制進口的商品生產、裝配，須經國家規定的管理部門批準；
三、生產裝配進口料件不受國家限制，由廈門市人民政府批準。第十二條進口料件加工產品獲準內銷時，海關應當按照下列原則確定進口料件的減征、免征稅額:
1.產品在特區銷售的，按照本細則第二章第七條規定的原則征稅或免稅；
二、產品運往內地，照章納稅；
3.發貨人或其代理人未申報進口料件的名稱、數量、價值的，海關按成品征稅。