辦公室：
負責環境保護目標責任制的制定和考核；組織協調局機關日常工作；承辦綜合性會議組織、文電、秘書、保密、檔案、信息、督查等政務工作；負責起草全市環境保護會議的主要材料、領導的重要講話稿及其他綜合性材料；組織制定機關內部規章制度和直屬單位目標責任制；負責局機關財務工作，指導局系統財務工作；負責排汙費的管理和使用；負責行政後勤和安全保衛工作；承擔局機關和直屬事業單位組織人事及勞動工資管理；組織環境保護行政獎勵表彰；管理和指導直屬單位科技人員技術職務評聘工作；負責局機關離退休人員管理；指導鎮鄉（街道）環保員開展環保工作。
生態科技科：
監督管理全市自然生態環境保護；組織制訂並監督實施本市環境保護規劃和計劃；參與制定本市經濟社會發展中長期規劃、年度計劃及國土開發整治、區域經濟開發、產業發展、資源節約、綜合利用規劃；參與編制本市可持續發展綱要；指導環境監測網絡工作；組織編寫環境功能區劃；審核城鎮總體規劃中的環境保護內容；牽頭組織開展環境優美鄉鎮、生態鎮（村）、“綠色企業”、“綠色社區”建設工作；組織協調環境保護科研合作、技術攻關示範工作；組織協調環境保護國際條約國內履行活動；指導環境管理體系（ISO14000）和環境標誌、有機食品認證、環保產品認定及環境保護資質認可；指導開展園區生態化改造工作；參與清潔生產審核和循環經濟相關工作；參與制訂全市環保產業發展規劃，指導和推動環保產業發展；管理生物技術環境安全，監督檢查生物多樣性保護、野生動植物保護工作；具體指導生態示範區建設，組織實施生態保護規劃，監督實施各種類型的自然保護區及風景名勝區、旅遊度假區、畜禽禁養區、森林公園自然資源開發中的生態環境保護；負責農村生態環境保護工作；承擔市生態市建設領導小組辦公室日常工作。
行政審批服務科：
建設項目環境影響評價文件審批；環境影響評價文件重新審批（建設項目發生重大變化，建設項目環境影響評價文件批準後超過5年的重新審核）；建設項目環境保護設施竣工驗收；汙染防治設施的拆除或閑置許可（含關閉、閑置或拆除工業固體廢物汙染環境防治及生活垃圾處置的設施、場所核準）；向大氣排放轉爐等可燃氣體的批準；建築施工夜間作業許可證核發；危險廢物收集經營許可證核發；排汙許可證核發；不具備醫療廢物集中處置條件的偏遠山區、海島的農村醫療機構自行就地處置醫療廢物許可；限期治理驗收；建設項目試生產（試運行）核準；建設項目工程驗收；各類環保守法和汙染物排放達標證明；組織實施開發建設活動環境影響評價、“三同時”等環境管理制度、政策；按國家和省規定審定開發建設活動環境影響報告書（表）；組織本市重大經濟和技術政策、發展規劃以及重大經濟開發計劃的環境影響評價工作；指導全市建設項目和環境管理工作。
汙染控制科：
組織制訂並監督實施汙染物排放總量控制計劃和重點流域汙染防治規劃；組織實施國家環境保護標準及環境保護行業標準；負責環境保護統計；負責組織草擬有關環境保護的規範性文件；承擔輻射環境、放射性廢物管理工作；調查處理有關電磁輻射汙染、光汙染糾紛及輻射環境事故場外應急工作；指導城市環境綜合整治工作；負責制訂煙控區、噪聲控制區建設規劃；組織協調創建國家環保模範城市及長效管理工作；監督管理廢氣、廢水、廢渣、粉塵、有毒化學品、噪聲、振動以及機動車汙染防治工作；負責汙染限期治理和達標排放工作；組織實施固體廢物經營許可、有毒化學品進口登記、行政代執行等環境管理制度；審查和管理可用作原料的廢物進口許可證；審核超標排汙費和排汙水費征收金額，指導環境監察工作；負責有關環境汙染事故、環境汙染糾紛處理和信訪的協調、聯絡、督辦工作；調查處理重大環境汙染事故及跨縣（市）、跨流域環境汙染糾紛事件；
法制宣教科：
組織貫徹實施國家環境保護方針、政策、法律、法規；組織環境保護宣傳教育工作；組織環境保護系統在職人員培訓教育；組織政策調研，撰寫專題報告；辦理環境行政處罰、行政復議、行政訴訟案件，組織行政處罰中的聽證活動；負責環境保護的行政稽查工作；負責環境保護法規匯編和環境案例匯編；組織實施12369環保舉報電話工作，受理查處群眾有關環境保護的各類投訴；負責協調人大代表、政協委員的議案、意見、建議、提案的辦理工作。
環境監測站：
承擔轄區內水、大氣、噪聲、生物、土壤、放射性固體廢物等環境質量和汙染源的監測工作；組織開展技術攻關和技術示範；推廣引進先進工藝和先進治理技術。
環境監察大隊：
對新建項目“三同時”和限期治理項目執行情況等各類汙染源實施現場監督檢查，並查處環境違法行為；負責汙染事故、糾紛和生態破壞事件的調查處理；負責排汙費收繳和排汙申報登記工作；負責相關內容的來信來訪處理。
環境信息中心：
制訂並組織實施本市環境信息化工作規劃；執行市環保局下達的環境信息管理工作計劃和環境信息網絡建設任務；貫徹實施國家、省環境信息標準和技術規範；組織開發利用轄區內環境信息資源，為本市環境管理與決策提供信息技術支持和服務；組織開展全市環境信息技術交流與培訓，提供有關信息化建設方面的業務指導和技術支持；組織本市環境信息數據庫建設、環境保護網站維護與管理；負責環境信息管理軟件的應用、管理和維護工作；組織實施市環保局環境信息網絡與計算機應用系統建設、運行和維護；承擔市級環境信息和信息技術的對外合作與交流。
環境保護所：
貫徹落實國家環境保護方針、政策、法律、法規、環境標準和上級環保部門有關文件精神，監督檢查轄區的貫徹執行情況；負責對轄區內環保信訪的受理和調處；開展建設項目審批現場踏勘工作，並負責建設項目的初審和C類建設項目的審批工作。負責面積2000平方米以下辦公房的環保竣工驗收；對轄區內單位和個人執行環保法規、建設項目“三同時”情況進行現場監督、檢查；按規定向所在鎮鄉（街道）及上級環保部門報告轄區內的環境汙染事故或隱患，根據應急預案做好現場處置工作；負責轄區內的排汙申請登記和排汙費征收工作；對轄區內企事業單位環境違法行為開展調查取證並提出處罰建議；組織轄區內環境保護宣傳教育工作，推動公眾和非政府組織參與環境保護。開展轄區內生態建設工作，積極開展全國環境優美鄉鎮、生態鄉鎮創建工作，推動轄區內生態村和環境友好單位創建工作；鼓勵轄區內企業推行清潔生產，指導幫助企業實施ISO14000系列標準；承辦上級環保部門依法委托或交辦的其他事項。