壹些公司認為，基金公司取得的手續費收入是作為基金管理人向投資者收取的費用，應當全額計入管理人的收入。代理是代理人角色，它的劃分是管理者的成本。至於大家關心的可能的重復征稅，營業稅是流轉稅，就是每個環節都要征稅。
也有公司認為，基金管理人、代銷機構、投資者之間存在事實上的三方法律關系。在代銷模式下，手續費收入是代銷機構和基金管理人分成的，而不是基金管理人先收再返(代銷機構)的流程。基金公司向代銷機構支付手續費資金，代收代付只是為了方便清算，不應列為基金公司的成本。另外，很多時候基金公司拿到的只是壹個打包的基金，客戶信息根本沒有。客戶仍然是代理公司的客戶。可見代理機構和基金公司是平等服務客戶的。壹方面掌握客戶資源，壹方面管理資金，各司其職。是“夥伴”關系，而不僅僅是“代理”關系。在這種情況下，收入應按各自份額分別確認。
問題2:向投資者收取的基金銷售費用減免時，基金公司是否對先收取後返還的費用確認收入並繳納營業稅？
對於特定的基金投資者，有兩種方式可以減免銷售費用。壹種是直接減免，不收費。二是先收後還。對於前者，實踐中爭議不大，即減免稅不需要在賬面上測算。但對於後者，在稅務處理和會計計量上仍有爭議:壹種觀點認為，既然收入已收，返還時應確認為費用，費用只有對方提供發票才能計入，否則只能稅後列支。另壹種觀點認為，只要在交易時達成協議，且合法合規，先收到再退回時，應作為正常銷售折扣退回，直接沖減收入。
第三，在後端收費模式下，基金公司預先支付給代銷機構的銷售傭金應如何收取，收到傭金時基金公司應如何進行會計處理，涉稅問題如何界定？核心問題是是否確認為基金公司的收益，這是總額法和凈額法之爭的極端情況。
第四，基金公司分給代銷機構的管理費收入，即尾隨傭金，往往是通過擠占其他費用科目來收取，導致會計信息失真。同時，尾隨傭金在代銷機構總部核算，缺乏有效監管。對此，現行制度沒有明確規定有關當事人如何確認和計算。
上述問題對整個基金行業、相關企業和個人乃至整個經濟秩序都有壹定的影響:壹是客觀上為企業設立小金庫提供了便利。壹些基金公司向代銷機構支付銷售傭金後往往很難取得合法憑證，甚至有的基金公司把錢匯到對方指定賬戶後也無法取得任何憑證；二是無法按照統壹標準反映經營成果。不利於掌握真實信息；第三，引發惡性競爭，違背市場公平競爭原則。內控制度相對寬松，行為不規範的基金公司比較激進，不利於平等競爭。同時，隨著競爭的激烈，以往采取謹慎態度的基金公司將被迫向其他基金公司靠攏，進壹步加劇競爭環境的惡化；第四，基金公司內控存在潛在風險。由於缺乏規範統壹的代銷手續費辦理模式，基金公司存在重銷售輕財務的現象，削弱了對關鍵環節的管理和監控，使基金公司辦理此類業務的內控風險人為增加。第五，國家稅收流失。凈額法沒有確認壹部分收入，也沒有征收流轉稅。從體制內流出的收入也造成了所得稅流失。