對稅務登記的影響。在驗資報告出具方面，實收資本不作為工商登記事項，今後公司在辦理或變更工商登記時不再提供驗資報告或評估報告。那麽相應地，納稅人在辦理設立或變更稅務登記時提供驗資或評估報告行為也將變得沒有實質意義。在年檢方面，方案將企業年檢制度改為年度報告公示制度。稅收征管法實施細則第十九條規定稅務機關對稅務登記證件進行定期驗證制度，實際上國家稅務總局已取消年檢制，但規定納稅人必須在明顯處懸掛稅務登記證，以備查驗，事實上還留有年檢的性質，這次是否可以改為報告制值得研究。在電子化登記方面，方案首次提出“推行電子營業執照和全程電子化登記管理，與紙質營業執照具有同等法律效力”。在現行稅收征管法“先照後證”規定的前提下，推行電子稅務登記，實現工商登記信息電子化傳遞，並將電子稅務登記與網上納稅申報平臺相對接。在非正常戶管理方面，由於公司設立門檻低，各類市場主體發展迅速，“空殼公司”也將大幅增加。基於稅務登記辦法和國家稅務總局公告2011年第21號文件規定，非正常戶認定和跟蹤管理的工作量必將劇增。化解這壹難題，既需要上級稅務機關的頂層設計，也要有基層稅務機關穩妥而詳備的預案。
對發票管理的影響。根據發票管理辦法及其實施細則，納稅人領取營業執照並辦理稅務登記後，就可正常領用發票。與原公司相比，新公司稅法意識相對不強，利用“富余”普通發票虛開、代開、串開的概率較高，發票涉稅風險明顯上升。同時，由於新增公司具有戶多、流動性大等特點，外出經營活動稅收管理的涉稅風險也在加大，《外出經營活動稅收管理證明》應開具而未開具、繳銷不及時等行為將增多，跨省《外出經營活動稅收管理證明》真偽鑒別、發票保證金日常管理的業務量將加大，又亟須辦稅服務等配套措施升級。
對納稅申報的影響。稅收征管法第二十六條明確規定了納稅申報方式包括直接申報、郵寄申報、數據電文申報以及其他申報方式。方案實施後，許多創業者會先設立公司再謀劃具體業務，地方政府為政績所驅動也鼓勵創業者先設立公司，加上其他因素綜合在壹起，勢必產生不少“空殼公司”。有名無實，業務經營不正常，不申報、零申報、延遲申報和延期納稅戶將隨之大幅增加，準期申報率和入庫率等稅收征管質量指標有下行的風險。
對稅款追征的影響。原《中華人民***和國公司法》規定公司營業執照登記的註冊資本就是公司股東已繳的資本額，投資人以註冊資本為限對債權人承擔責任，因此公司的交易相對人對公司的註冊資本是足夠信賴的。改成認繳制後，未足額交付出資的股東承擔債務連帶責任，責任範圍有多大？破產時稅款清算如何進行？對於認繳制下所產生的這些稅款追征問題，法律依據並不明確。對於稅務部門而言，關鍵是提前做好相關應對措施，日常的稅源監控顯得非常重要。
對稅務檢查的影響。方案放寬了市場主體住所登記的條件，生活場所可以註冊為公司經營地址，壹些以居家住房等生活場所為生產經營場所的經濟體將迅猛增長，其生產經營場所、貨物存放地與其生活住宅合用的現象日漸增多，生產經營場所和生活場所界限逐漸模糊。但現行稅收征管法規定稅務機關可以到納稅人的生產、經營場所和貨物存放地檢查，沒有明確賦予稅務人員搜查生活場所的權力，稅務機關存在檢查場所範圍窄，稅務檢查取證難的問題。另外，由於公司設立門檻較低，不排除壹些新公司在不同地區惡意註冊或者控制多個企業，操縱實施稅收違法活動。壹旦有壹環節出了問題，可立即對上下遊企業實施註銷或惡意走逃，斷開鏈條，加大了稅務檢查中固定證據的難度。
對稅源專業化管理改革的影響。當前，稅源專業化管理改革主要是圍繞分規模、分行業、分事項建立稅源專業化管理模式，而註冊資本正是分規模的核心指標之壹。註冊資本改認繳制後，以經營規模為專業化管理的分類標準將更難以判定。同時，公司空掛、業主難找現象頻發，導致非正常戶認定和追蹤管理的工作量必將劇增，這又勢必擠壓稅源管理部門對稅收風險應對力量的配置，對風險管理工作構成壹定的沖擊。
除上述變化之外，方案還提出對載入“經營異常名錄”的市場主體要進行公示、警示，對載入“黑名單”的市場主體及負有個人責任的投資人、負責人、董事、監事等要納入信用監管體系，這對納稅評估、非正常戶管理及納稅信用等級評定等方面也有壹定的影響。
總之，稅收征管改革受到特定的內外部環境影響是必然的，建立科學嚴密的征管體系就必須綜合考慮各方面的因素。稅務機關應及時跟進，積極配合全國人大、國務院加快稅收征管法及其實施細則的修訂，推進《稅務登記管理辦法》等配套稅務規章的立改廢工作，並做好與《公司註冊資本登記管理規定》、《中華人民***和國企業法人登記管理條例施行細則》等新修訂工商規章的銜接。