1.向登記機關申請註銷，領取並填寫相關表格；
2.在市級以上地方報紙上發布註銷公告，清理債權債務，註銷稅務、社保、統計等賬戶；
3.準備相關註銷登記材料，辦理註銷手續；
4.材料包括農民專業合作社註銷登記申請書、經確認的清算報告、法人營業執照原件及復印件等。
農民專業合作社和農民資金互助合作社不納入簡易註銷範圍。有下列情形之壹的農業專業合作社，不適用簡易註銷程序:被列入經營異常名錄的；正在接受調查、行政強制、司法救助或者受到行政處罰；農業合作社非法人分支機構未辦理註銷登記的；現有投資權益被凍結；法律、行政法規或者國務院決定規定註銷登記前需要審批的；不適用簡易註銷登記的其他情形。
各市場監管所要對連續兩年未上報年報的農民專業合作社進行認真梳理，摸清底數。要通過發布通告、到登記住所或經營場所進行現場檢查等方式，逐壹核實情況，依法開展清理工作。同時，將連續兩年未上報的農民專業合作社信息推送給稅務部門，由稅務部門幫助核查。
各地要嚴格依法行政，積極穩妥有序推進清理工作。根據實際情況，對納入清理範圍的農民專業合作社進行提示性公告。同時，要搭建相關公告平臺，嚴格按照《指導意見》的程序要求，依法依職權啟動撤銷程序，充分保障當事人的應有權利。
法律依據:
《中華人民共和國公司法》第壹百八十八條
公司清算結束後，清算組應當制作清算報告，提交股東會、股東大會或者人民法院確認，並報送公司登記機關，申請註銷公司登記，公告公司終止。
《中華人民共和國公司法》第壹百八十九條
清算組成員應當忠於職守，依法履行清算義務。清算組成員不得利用職權收受賄賂或者其他非法收入，不得侵占公司財產。清算組成員因故意或者重大過失給公司或者債權人造成損失的，應當承擔賠償責任。