1、扣繳單位未向稅務機關報送納稅人的基礎信息，導致信息系統無法匹配關聯；2、扣繳單位在提交納稅人基礎信息時，未將納稅人身份類型選擇為雇員；3、納稅人在個人所得稅APP或WEB網頁端填報時，指定的扣繳單位有誤；4、納稅人填報後未滿3日，系統尚未完成信息歸集、整理和推送。
專項附加扣除的操作流程：
1、登錄稅務局官方網站或者下載稅務局官方APP；
2、使用個人實名認證的賬號登錄系統；
3、在系統中找到專項附加扣除的相關頁面；
4、按照提示填寫相關信息，包括子女教育、繼續教育、大病醫療等扣除信息；
5、提交信息前仔細核對，確保所有填寫無誤；
6、確認提交後，系統會進行審核，審核通過即完成報送。
綜上所述，專項附加扣除報送失敗的原因可能包括扣繳單位未報送納稅人基礎信息、身份類型選擇錯誤、納稅人指定錯誤的扣繳單位，以及信息系統在納稅人填報後3日內未完成數據處理。這些因素***同作用，導致信息無法正確匹配或推送，從而影響了扣除流程的順利進行。
法律依據：
《個人所得稅專項附加扣除操作辦法（試行）》
第四條
享受子女教育、繼續教育、住房貸款利息或者住房租金、贍養老人專項附加扣除的納稅人，自符合條件開始，可以向支付工資、薪金所得的扣繳義務人提供上述專項附加扣除有關信息，由扣繳義務人在預扣預繳稅款時，按其在本單位本年可享受的累計扣除額辦理扣除；也可以在次年3月1日至6月30日內，向匯繳地主管稅務機關辦理匯算清繳申報時扣除。納稅人同時從兩處以上取得工資、薪金所得，並由扣繳義務人辦理上述專項附加扣除的，對同壹專項附加扣除項目，壹個納稅年度內，納稅人只能選擇從其中壹處扣除。享受大病醫療專項附加扣除的納稅人，由其在次年3月1日至6月30日內，自行向匯繳地主管稅務機關辦理匯算清繳申報時扣除。