專項附加扣除的申報方式：由單位申報或者個人自行申報；由單位申報的，由單位按月發工資預扣稅款時辦理；個人辦理的，自行向匯繳地主管稅務機關辦理匯算清繳申報時進行專項附加扣除。納稅人同時從兩處以上取得工資、薪金所得，並由扣繳義務人辦理上述專項附加扣除的，對同壹專項附加扣除項目，壹個納稅年度內，納稅人只能選擇從其中壹處扣除。
享受大病醫療專項附加扣除的納稅人，由其在次年3月1日至6月30日內，自行向匯繳地主管稅務機關辦理匯算清繳申報時扣除。扣繳義務人辦理工資、薪金所得預扣預繳稅款時，應當根據納稅人報送的《個人所得稅專項附加扣除信息表》(以下簡稱《扣除信息表》)為納稅人辦理專項附加扣除。
納稅人年度中間更換工作單位的，在原單位任職、受雇期間已享受的專項附加扣除金額，不得在新任職、受雇單位扣除。原扣繳義務人應當自納稅人離職不再發放工資薪金所得的當月起，停止為其辦理專項附加扣除。納稅人未取得工資、薪金所得，僅取得勞務報酬所得、稿酬所得、特許權使用費所得需要享受專項附加扣除的，應當在次年3月1日至6月30日內，自行向匯繳地主管稅務機關報送《扣除信息表》，並在辦理匯算清繳申報時扣除。
法律依據：
《個人所得稅專項扣除暫行辦法》 第二十五條 納稅人首次享受專項附加扣除，應當將專項附加扣除相關信息提交扣繳義務人或者稅務機關，扣繳義務人應當及時將相關信息報送稅務機關，納稅人對所提交信息的真實性、準確性、完整性負責。專項附加扣除信息發生變化的，納稅人應當及時向扣繳義務人或者稅務機關提供相關信息。前款所稱專項附加扣除相關信息，包括納稅人本人、配偶、子女、被贍養人等個人身份信息，以及國務院稅務主管部門規定的其他與專項附加扣除相關的信息。本辦法規定納稅人需要留存備查的相關資料應當留存五年。
衍生問題：
個人所得稅專項附加扣除信息表怎麽填寫
1、表頭項目：
填報日期：納稅人填寫本表時的日期。
扣除年度：填寫納稅人享受專項附加扣除的所屬年度。
納稅人姓名：填寫自然人納稅人姓名。
納稅人識別號：納稅人有中國居民身份證的，填寫公民身份號碼;沒有公民身份號碼的，填寫稅務機關賦予的納稅人識別號。
2、基礎信息：
納稅人信息：填寫納稅人有效的手機號碼、電子郵箱、聯系地址。其中，手機號碼為必填項。
納稅人配偶信息：納稅人有配偶的填寫本欄，沒有配偶的則不填。具體填寫納稅人配偶的姓名、有效身份證件名稱及號碼。
3、表內各欄：
(1)子女教育
(2)繼續教育
(3)住房貸款利息