甲方或者總包方直接將工資打到農民工工資專戶是有相關政策依據的。政策規定《保障農民工工資支付條例》（自2020年5月1日起施行）第三十壹條規定，工程建設領域推行分包單位農民工工資委托施工總承包單位代發制度。分包單位應當按月考核農民工工作量並編制工資支付表，經農民工本人簽字確認後，與當月工程進度等情況壹並交施工總承包單位。施工總承包單位根據分包單位編制的工資支付表，通過農民工工資專用賬戶直接將工資支付到農民工本人的銀行賬戶，並向分包單位提供代發工資憑證，用於支付農民工工資的銀行賬戶所綁定的農民工本人社會保障卡或者銀行卡，用人單位或者其他人員不得以任何理由扣押或者變相扣押國家稅務總局關於個人所得稅偷稅案件查處中有關問題的補充通知（國稅函發1996602號）中“三、關於扣繳義務人的認定”規定，扣繳義務人的認定，按照個人所得稅法的規定，向個人支付所得的單位和個人為扣繳義務人。由於支付所得的單位和個人與取得所得的人之間有多重支付的現象，有時難以確定扣繳義務人。為保證全國執行的統壹，現將認定標準規定為凡稅務機關認定對所得的支付對象和支付數額有決定權的單位和個人，即為扣繳義務因此，根據即將實施的《保障農民工工資支付條例》關於農民工工資委托發放規定，總包方公司只是代為實施了發放工資的職責，但對於分包方公司的工資支付對象和支付數額並沒有決定權，分包方公司才應是個稅代扣代繳義務人。總包方根據分包方提供的工資表中的“實發數”代發工資，並將工資中屬於個人應承擔的社保和個稅部分交給分包方公司，由分包方公司為職工繳納社保和預繳個稅。