轉移定價方法是關聯方交易分析的重要組成部分。
(1)在分析關聯交易時，選擇不同的轉讓定價方法，可能導致驗證結果差異很大。比如基於價格的成本加成法側重於成本加上壹定的毛利，而基於利潤的交易凈利潤法則需要考慮期間費用對企業凈利潤的影響。與毛利率相比，企業的凈利率不容易受到關聯交易和非關聯交易的壹些功能差異的影響，企業之間的功能差異通常體現在營業費用的變化上。所以，有時候毛利率差距大的企業，仍然可能達到相近的凈利潤率；
(2)不同類型的關聯交易適用不同的轉讓定價方法。《辦法》主要解釋了不同類型的關聯交易對轉讓定價方法的適用。新企業所得稅法及其實施條例和《辦法》在轉讓定價方法的選擇上都采用了“最佳方法”的觀點，不同類型的關聯交易需要有不同的側重點進行考察。
無論是企業制定關聯交易定價政策還是稅務機關審核或調整，都需要有壹定的依據和關鍵指標來選擇合適的轉讓定價方法。
(1)可比性分析對轉讓定價方法選擇的重要性。《辦法》參考了經濟合作與發展組織(OECD)的轉讓定價指南，完整系統地描述了可比性分析的五個方面。即交易資產或服務的特性、交易雙方的功能和風險、合同條款、經濟環境和經營策略。
對交易各方的作用和風險的分析，在此前《國家稅務總局關於加強轉讓定價調查分析工作的通知》(國發〔2007〕363號)中已得到充分肯定。這份文件要求各地加強對被調查企業的功能和風險分析。接受轉讓定價調查的企業必須填寫《企業功能風險分析表》，主管稅務機關應根據調查情況了解企業其他相關信息，填寫《企業功能風險分析確認表》，並將上述兩份表格連同備案報告壹並報送國家稅務總局。
(2)關聯交易的特點。企業應根據其關聯方交易的類型和特點選擇相應的轉讓定價方法。對此，《辦法》明確規定了哪些類型的關聯交易通常適用不同的方式。
(3)信息來源的可靠性和壹致性。比如，在選擇交易凈利潤法時，不僅要考慮交易產品和企業的功能風險，還要考慮關聯企業和獨立企業對凈利潤的評價標準是否壹致。